表1蛋白质相互作用分析相关数据库及网站网站资源类型网址DIP蛋白质相互作用http:/dip.doe-mbi.uda.eduINTERACT蛋白质相互作用http:/bioinf.man.ac.uk/interactpr.htmProNet蛋白质相互作用http:/pronet.doubletwist.com/MIPS蛋白质相互作用http:/www.mips.biochem.mpg.de/proj/yeast/tables/interactoin/index.htmProteome蛋白质相互作用http:/www.proteome.comBind蛋白质相互作用http:/www.binddb.orgString基因共定位http:/www.bork.embl-heidelberg.de/string/CoGs种系发生谱http:/www.ncbi.nlm.nih.gov/CoG/蛋白质序列分析和结构预测 点击次数： 208 发表于：2008-08-04 22:18转载请注明来自丁香园 来源：互联网【实验目的】 1、掌握蛋白质序列检索的操作方法； 2、熟悉蛋白质基本性质分析； 3、熟悉基于序列同源性分析的蛋白质功能预测，了解基于motif、结构位点、结构功能域数据库的蛋白质功能预测； 4、了解蛋白质结构预测。【实验内容】 1、使用Entrez或SRS信息查询系统检索人脂联素（adiponectin）蛋白质序列； 2、使用BioEdit软件对上述蛋白质序列进行分子质量、氨基酸组成、和疏水性等基本性质分析； 3、对人脂联素蛋白质序列进行基于NCBI/Blast软件的蛋白质同源性分析； 4、对人脂联素蛋白质序列进行motif结构分析； 5、对人脂联素蛋白质序列进行二级结构和三维结构预测。【实验方法】1、人脂联素蛋白质序列的检索： （1）调用Internet浏览器并在其地址栏输入Entrez网址（http:/www.ncbi.nlm.nih.gov/Entrez）； （2）在Search后的选择栏中选择protein； （3）在输入栏输入homo sapiens adiponectin； （4）点击go后显示序列接受号及序列名称； （5）点击序列接受号NP_004788 （adiponectin precursor； adipose most abundant genetranscript 1 Homo sapiens）后显示序列详细信息； （6）将序列转为FASTA格式保存（参考上述步骤使用SRS信息查询系统检索人脂联素蛋白质序列）；2、使用BioEdit软件对人脂联素蛋白质序列进行分子质量、氨基酸组成和疏水性等基本性质分析： 打开BioEdit软件将人脂联素蛋白质序列的FASTA格式序列输入分析框点击左侧序列说明框中的序列说明点击sequence栏选择protein点击Amino Acid Composition查看该蛋白质分子质量和氨基酸组成；或者选择protein后，点击Kyte & Doolittle Mean Hydrophobicity Profile查看该蛋白质分子疏水性水平；3、人脂联素蛋白质序列的蛋白质同源性分析： （1）进入NCBI/Blast网页； （2）选择Protein-protein BLAST （blastp）； （3）将FASTA格式序列贴入输入栏； （4）点击BLAST； （5）查看与之同源的蛋白质；4、人脂联素蛋白质序列的motif结构分析： （1）进入http:/hits.isb-sib.ch/cgi-bin/PFSCAN网页； （2）将人脂联素蛋白质序列的FASTA格式序列贴入输入栏； （3）点击Scan； （4）查看分析结果（注意Prosite Profile中的motif information）；5、人脂联素蛋白质序列的二级结构预测： （1）进入下列蛋白结构预测服务器网址：http:/www.embl-heidelberg.de/predictprotein/predictprotein.html （The PredictProtein Server）； （2）在You can栏点击default； （3）填写email地址和序列名称； （4）将人脂联素蛋白质序列的FASTA格式序列贴入输入栏点击Submit； （5）从email信箱查看分析结果；6、人脂联素蛋白质序列的三维结构预测： （1）进入http:/www.expasy.org/swissmod/SWISS-MODEL.html （SwissModel First ApproachMode）网页； （2）填写email地址、姓名和序列名称； （3）将人脂联素蛋白质序列的FASTA格式序列贴入输入栏； （4）点击Send Request； （5）从email信箱查看分析结果（注：需下载软件入rasmol查看三维图象）。【作业】 1、提交使用上述软件对人脂联素蛋白质序列进行基本性质分析、同源性分析、motif结构分析以及二级结构和三维结构预测的结果； 2、相互对比结果，说明产生不同结果的原因，总结进行上述分析所需注意的关键事项。蛋白质序列分析0 蛋白质序列分析pfam http:/pfam.sanger.ac.uk/蛋白质结构域预测smart http:/smart.embl-heidelberg.de/ 蛋白质结构域预测BLOCKS http:/blocks.fhcrc.org/ 蛋白质家族的序列保守区域 CluSTr http:/www.ebi.ac.uk/clustr/ 将SWISS-PROT+TrEMBL蛋白自动归类 InterPro http:/www.ebi.ac.uk/interpro/ 蛋白质家族、结构域和位点的集成信息资源 PIR-ALN http:/www-nbrf.georgetown.edu/pirwww/dbinfo/piraln.html 蛋白质序列联配 PRINTS http:/www.bioinf.man.ac.uk/dbbrowser/PRINTS/ 分层的基因家族指纹 PROSITE http:/www.expasy.ch/prosite/ 具有生物学意义的蛋白模式和轮廓 ProtoMap http:/protomap.cornell.edu/ 对SWISS-PROT蛋白质进行自动分类 SBASE http:/hydra.icgeb.trieste.it/kristian/SBASE/ 注释了的蛋白质结构域序列 SYSTERS http:/systers.molgen.mpg.de/ 基于多种资源对蛋白质序列进行分类 Emotif http:/motif.stanford.edu/emotif 蛋白质序列模体查询 Iproclass http:/pir.georgetown.edu/iproclass/ 注释了的蛋白质分类数据库 PFSCAN www.isrec.isb-sib.ch/software/PFSCAN_form.html 蛋白质序列的(profile)分析Compute pI/Mw- http:/www.expasy.ch/ch2d/pi_tool.html蛋白质序列的理论等电点、分子量的计算 CATH- http:/www.biochem.ucl.ac.uk/bsm/cath 通过自动、手动方式进行蛋白质结构相关性的系统分类，CATH是以下四个单词的第一个字母的组合Class(类) -源于二级结构的最高级别的分类Architecture(构造) -独立于拓扑结构的二级结构排列描述。 Topology(拓扑结构)-参照已知的折叠及观测的结构进行拓扑分析Homology(同源)-结构间相同的拓扑布局、不同的二级结构（与功能相似性相关）描述 CRASP http:/wwwmgs.bionet.nsc.ru/Programs/CRASP/default.htm 蛋白质序列的相关分析 FPAT http:/www.ibc.wustl.edu/fpat/-an 检索分子序列数据库模式的简易方法 Hydropathy Plot (GIF image) http:/www.bmb.psu.edu/nixon/webtools/hydro/default.htm绘制亲疏水图 MOTIF http:/www.genome.ad.jp/SIT/MOTIF.html- 蛋白质序列模式检索 RandSeq http:/www.expasy.ch/sprot/randseq.html- 随机的蛋白质序列生长子 REPRO- http:/www.embl-heidelberg.de/repro/repro_info.htmlA 蛋白质重复片断识别服务器 paralign http:/www.paralign.org/ 蛋白质、核酸序列相似性检索 SignalP http:/www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/ 在不同的物种中预测信号肽及酶切位点 SIM- http:/expasy.hcuge.ch/sprot/sim-prot.html 由用户定义的最佳两序列对比 TMpred http:/ulrec3.unil.ch/software/TMPRED_form.html - 蛋白质跨模区预测、定位，该方法基于统计学结果，通过权重矩阵打分进行预测分析 Coils http:/ulrec3.unil.ch/software/COILS_form.html 对比分析具有双股卷曲结构的序列同源性打分，进而计算适于采用该结构的序列的几率 GuessProt http:/www.expasy.ch/www/guess-prot.html 选择SwissProt蛋白的等电点、分子量 MassSearch http:/cbrg.inf.ethz.ch/subsection3_1_3.html- 蛋白质消化后的聚集检索Phospepsort http:/genome.eerie.fr/gcg/phospepsort-query.html- 磷酸化位点分类 SAPS http:/ulrec3.unil.ch/software/SAPS_form.html- 蛋白质序列统计分析 Sleuth http:/www.bioon.com/molebio/pro. du/pub/sleuth/data- 氨基酸构象及可及性分析 PEDANT-http:/pedant.mips.biochem.mpg.de/frishman/pedant.html 蛋白质提炼PROVE http:/www.ucmb.ulb.ac.be/%7Ejoan/survol/form.html 蛋白质原子体积计算 Naccess (ASA for proteins)http:/www.