多序列比对及 系统发生树的构建 主要目的： 了解分子进化及系统发育分析 掌握多序列比对方法 熟悉系统发育树建立方法 掌握用Mega软件进行构建系统发育 树 系统发生（phylogeny）是指生物形 成或进化的历史 系统发生学(phylogenetics)研究物 种之间的进化关系 系统发育树（phylogenetic tree）描 述物种之间进化关系 系统发育树（phylogenetic tree） 又称evolutionary tree进化树)就是描述 这一群有机体发生或进化顺序的拓扑结构 。它可以用来研究不同物种间的进化关系 ，这一直是生物学的研究热点。 拓扑（Topology）将讨论范围内的事物之 间的相互关系表示出来，将这些事物之间 的关系通过图表示出来。 两个临近的分支的连接处称为节点（ node）,表示推断祖先的现存类群在树最 底部的分支点成为根节（root node）, 一 个单一的共同的祖先被定义为进化支（ clade）或者单源群（monophyletic group） 树的分支模式被成为拓扑结构（tree topology） 系统发育树建立方法 NCBIBLAST输入序列对比 记录好以下几方面： 名 称： Uncultured bacterium clone YU201H10 序列号： FJ694683 /FJ694514 文 献： TITLE Circumpolar synchrony in big river bacterioplankton 序列长度：353 相 似 比： 99% 核酸序列 分类地位 CLUSTALX是CLUSTAL多重序列比对 程序的Windows版本。Clustal X为进行多 重序列和轮廓比对和分析结果提供一个整 体的环境。 序列将显示屏幕的窗口中。采用多色彩的 模式可以在比对中加亮保守区的特征。窗 口上面的下拉菜单可让你选择传统多重比 对和轮廓比对需要的所有选项。 Clustalx比对结果是构建系统发育树的前 提 打开软件clustalx 具体步骤 根据需要，选定要比对的菌株及相应的序 列。将序列COPY至记事本 1）File Load sequences 找序列 2）Alignment Do complete alignment Align 自动生成文件于桌面（序列 所 在文件夹）. . aln是所需文件 Mega下载地址 作业： 1.使用entrez获取登录号为P26374的蛋白序列，然后 通过blastp，搜索nr库中最相似的10个序列，记录登 录号，用Mega软件进行系统发育树构建（要求用两 种以上方法）。 2.获取P03958序列，进行psi-blast搜索，看看结果 和blastp搜索有什么不同。