独创性声明 学位论文题目：且独堂用塞验邈堑鱼厶题道圭璺菌登垒挂性出筮 本人提交的学位论文是在导师指导下进行的研究工作及取得的 研究成果。论文中引用他人已经发表或出版过的研究成果，文中己加 了特别标注。对本研究及学位论文撰写曾做出贡献的老师、朋友、同 仁在文中作了明确说明并表示衷心感谢。 学位论文版权使用授权书 本学位论文作者完全了解西南大学有关保留、使用学位论文的 规定，有权保留并向国家有关部门或机构送交论文的复印件和磁盘， 允许论文被查阅和借阅。本人授权西南大学研究生院( 筹) 可以将学 位论文的全部或部分内容编入有关数据库进行检索，可以采用影印、 缩印或扫描等复制手段保存、汇编学位论文。 ( 保密的学位论文在解密后适用本授权书，本论文：口不保密， 口保密期限至年月止) 。 学位论文作者签名： 签字日期： 山，1 年6 月芳日签字日期： 理学硕士学位论文 嗍Y 1 哪8 8 1 吣叭5 骶0 1 1 帆 几种常用实验动物与人肠道主要菌群 多样性比较 动物学专业硕士研究生李伟 指导教师魏泓教授 本研究受国家“9 7 3 ”重点基础研究发展计划：感染微生态动 物模型的建立、评价及应用( 2 0 0 7 C B 51 3 0 0 7 ) 资助。 西南大学生命科学学院 二零一一年五月 一专一一，牛血月 中国重庆 J J M a s t e rD i s s e r t a t i o n C o m p a r i s o no ft h ed i v e r s i t yo ft h ef a e c a l m i c r o b i o t aa m o n g l a b o r a t o r ym o u s e ，r a t ， m i n i a t u r ep i ga n dh u m a n M a j o r ：Z o o l o g y A u t h o r ：L iW e i S u I Webupervlsor： iH o n g lH T h i s p p o r t e db ygNational h i sw o r kw a ss u p p o r t e db yg r a n t sf r o mt h e i o n a lB a s i c 1 R e s e a r c hP r o g r a mo f C h i n a ( 2 0 0 7 C B 5 13 0 0 7 ) S c h o o lo fL i f eS c i e n c e ，S o u t h w e s t U n i v e r s i t y C h o n g q i n g C h i n a M a y 10 ，2 0 1 1 J 】 J 舌 目录 摘 要一I A b s t r a c t I I I 第1 章文献综述1 1 前言、1 2 肠道微生物的功能：2 2 1 肠道微生物与营养2 2 2 肠道微生物与代谢2 2 3 肠道微生物与免疫2 3 肠道微生态研究现状、方法及近些年研究技术进展3 3 1 基于1 6 Sr R N A 基因的分子生态学技术3 3 2 元基因组技术3 3 3 代谢组学技术5 4 肠道菌群与人体健康和疾病5 4 1 与人类共生的肠道菌群5 4 2 肠道微生态与健康一6 4 3 肠道微生态与疾病6 5 肠道微生态的研究前景6 第2 章几种常用实验动物与人肠道主要菌群多样性比较1 1 1 引言1 1 2 实验材料。1 2 2 1 实验动物和志愿者1 2 2 2 主要试剂1 2 2 3 主要仪器设备13 2 4 主要试剂及溶液配制1 4 3 实验方法15 3 1 实验动物的选取和健康志愿者选择1 5 3 2 取样15 3 3 粪便菌群总D N A 的提取1 5 3 4P C R 扩增1 6 3 5D G G E 电泳及染色19 3 6D G G E 凝胶图像分析1 9 3 7 统计学分析2 0 4 实验结果2 0 4 1F V B n 小鼠和B A L B c 小鼠肠道菌群P C R D G G E 比较分析2 0 4 2S D 大鼠和W i s t e r 大鼠肠道菌群P C R D G G E 比较分析2 6 4 3 贵9 H d , 型猪和巴马香猪肠道菌群P C R D G G E 比较分析3 2 4 4 小鼠、大鼠、小型猪与人肠道菌群P C R D G G E 比较分析3 8 5 讨 论4 4 参考文献4 7 致谢。51 在读期间所发表的文章5 3 在读期间参加科研情况。5 3 t 止 英文缩写英文全称 S D 1 6 Sr D N A P C R P B S D G G E R N A a s e T E M E D T E D D W d p P C R d N T P T r i s 姆 E D T A S D S 英文缩写一览表 S p r a g u e - D a w l e y 16 Sr i b o s o m a lD N A g e n e P o l y m e r a s ec h a i nr e a c t i o n P h o s p h a t e b u f f e r e dS a l i n e D e n a t u r i n gG r a d i e n tG e l - E l e c t r o p h o r e s i s R i b o n u c l e a s e N ，N ，N ，N - t e t r a m e t h y l e n e d i a m i n e T r i s E D 弼( b u f f e r ) D o u b l e d i s t i l l e dw a t e r m s e p a i r P o l y m e r a s eC h a i nR e a c t i o n D e o x y r i b o n u c l e o s i d et r i p h o s p h a t e s T r i s ( h y d r o x y m e t h y l ) A m i n o m e t h a n e ， A m m o n i u mp e r s u l f a t e E t h y l e n ed i a m i n e t e t r aa c e t i c a c i d S o d i u md o d e c y ls u l f a t e 中文全称 S D 大鼠 1 6 S 核糖体D N A 编码基因 聚合酶链式反应 磷酸缓冲盐水 变性梯度凝胶电泳 R N A 酶 N N ，N ，N 四甲基乙二胺 T r i s E D T A ( 缓冲液) 双蒸水 碱基对 聚合酶链式反应 脱氧核糖核苷三磷酸 三羟甲基氨基甲烷 过硫酸铵 乙二胺四乙酸 十二烷基磺酸钠 U P G M A U n w e i g h t e d P a i rG r o u pM e t h o dw i t h 非加权配对聚类分析 A r i t h m e t i cM e a n ， 毛 摘要 曼鲁曼皇量量量鼍曼皇曼量置舅曼罾量曼皇皇量曼皇曼量量曼曼鲁曼曼曼皇曼曼皇曼曼鼍笪鲁曼曼喜曼曼曼鲁曼曼蔓皇曼曼曼曼曼皇曼舅曼量量皇曼皇曼曼=-,I l l 皇曼量 几种常用实验动物与人肠道主要菌群 多样性比较 动物学专业硕士研究生李伟 指导教师：魏泓教授 捅要 人类是由1 0 的人体细胞和9 0 的微生物细胞共同组成的“超级生物体”1 。 人的肠道中栖息着大约1 0 1 4 个，1 0 0 0 多种微生物，是人和动物体最庞大而复杂的 生物群落，其主要分为与宿主共生的生理性细菌( 类杆菌、双歧杆菌属、拟杆菌 等) ，与宿主共栖的条件性致病菌( 肠肝菌、肠球菌等) 以及大多数为过路菌的病 原菌( 变形杆菌、霍乱弧菌、痢疾杆菌等) ，主要分布在结肠部位，正常情况下肠 道菌群保持着共生和拮抗关系，从消化、营养吸收、能量供应、脂肪代谢、免疫 调节、药物代谢和毒性等诸多方面影响人和动物的健康状况2 - 5 。 对于肠道微生态的研究，传统的方法是通过微生物的选择性培养，或者是通 过直接形态学观察来获得部分信息，再进行鉴定和分类。传统培养方法的局限性 在于培养过程费时费力，易受操作方法的影响，敏感度低，大多数微生物很难或 不能用现有的技术分离培养；培养技术只能定性检测可培养的细菌，不能鉴定未 知的细菌，不能正确的反映肠道微生物群体的数量和多样性，使人类不能全面了 解肠道微生物之间和与宿主的相互关系，阻碍了人类对肠道微生物的认识。近年 来，随着分子生物学技术的迅猛发展，分子生物学技术在微生态学中的应用也日 益广泛，其特点是能够快速获得微生物种群定性、定量数据，这使得微生态学现 有的研究范围得以进一步扩展。以1 6 Sr R N A 基因为基础的变性梯度凝胶电泳 ( d e n a t u r i n gg r a d i e n tg e le l e c t r o p h o r e s i s ，D G G E ) 技术能够快速准确地鉴定在自然环 境或人工环境中的微生物种群，并进行复杂微生物群结构演替规律研究，以及生 物种群的动态分析o 。特别是近几年来国内外学者采用不同的分子生物学方法对细 菌的1 6 Sr