Vector NTI7.0 Users Manual软件包中文翻译者：宋厚辉（浙江大学），记住这个伟大的人物吧！前言（Introduction）1. 程序附带的数据库（Vector NTI database）包括：DNA/RNA、蛋白质、内切酶、寡核苷酸、凝胶mark。此外程序还提供数据库开发（Database Explorer）功能，用户可以自己修改、添加、拷贝感兴趣的各类数据库。2. 创建新分子（有四种方法）A 用GenBank/GenPept, EMBL/SWISS-PROT and FASTA、ASCII等格式输入DNA或氨基酸。B 手工粘帖，然后保存到数据库中C 从其他分子、接头、载体中剪切、拼接构键D 从DNA或RNA分子的编码区翻译成蛋白质3. 关于新分子的序列特征图谱：利用GenBank/GenPept, EMBL/SWISS-PROT or FASTA等格式输入的分子都能显示出序列和结构图，但自己手工粘帖的没有，需要自己编辑第一章Chapter 1Tutorial: Display Windows（显示窗口）目的：创建显示窗口，并对图、序列和文本进行操作 1.登录Vector NTI安装后首次登录，系统将提示是否允许填充空库，点OK。这样DNA molecules, proteins, enzymes, oligos, and gel markers将组成NTI的数据库。并出现下列两个窗口。 2. 观察出现的 Vector NTI 工作窗口 和 Database Explorer窗口上面的第一个窗口为工作窗口，由菜单栏和工具条两栏，移动鼠标到工具栏任意选项处，鼠标自动显示每个工具条的功能。第二个窗口为exlporinglocal vector NTI database,显示的是上次打开的DNA/RNA或蛋白分子。3. Create a Display Window for pBR322激活exlporinglocal vector NTI database窗口中的DNA/RNA Molecules (MAIN) 数据库，找到pBR322分子并双击打开。显示如下窗口： 4. 观察 pBR322 显示窗口上面的窗口由文本区（对分子信息的文字描述，双击文件夹可以看到）、图形区（标住限制性内切酶位点等）和序列区（全序列及酶切位点）三个部分组成。 5. 显示窗口的管理（通过拖拉标尺，改变窗口、或每个显示区的相对大小） 6. 转换 pBR322s 图形区：在工具栏左边的active pane右侧有三个按钮，用鼠标点当中那个（graphics pane） 7. 对 pBR322s 结构图进行操作：用户可以尝试点击、，此时图形的大小会发生变化。选区设定：菜单Editset selection,输入100bp1000bp,然后OK.可以看到选取在图形中用扇型框圈了起来.将鼠标移到选取的5端,可以看到,通过拖拉可以延长或缩短选区范围,同样在3端也能做到。如果用户一次只想移动一个碱基用直接拖拉就可能不方便，假如用户想在5端移动一个碱基，首先将鼠标放到处，然后按住shift和键盘右侧的或箭头，则按一次箭头移动一个碱基距离。如果一次想移动10个碱基，则同时按住shift+ctrl+箭头。如果用户只是粗略选择，可以直接将鼠标移到图中，用十字花拖动。将鼠标移到图的TCr处，此时鼠标箭头变成，并显示TCr代表的含义，如果用户此时按下鼠标，则TCr的编码区将被选中。 8. 检查 pBR322s nucleotide 序列移动标尺，尽可能将更多的PBR322序列显示出来，并点击序列中任何一处。现在对序列显示的样式进行设定：点击（Display Setup）按钮，显示molecular display setup对话框：用户可以对序列的颜色、大小、10个一组显示还是15个一组（默认是10个碱基一组），结构图的颜色、限制酶切图谱（注意刚开始显示的PBR322上限制酶并不多）、ORF、Motif等进行设置。现在我们打算把序列字体的颜色由黑色变成绿色，显示全部PBR322的酶切图。操作如下：在刚才的窗口中点restriction map下面的RMap setup按钮，在出现的对话框中点Add,再在出现的对话框中点select all，然后OK。点sequence下面的sequence setup,可以看到序列长度的设置等，在color栏中选green,一路点OK。此时显示如下：我们发现限制酶是大大的多了，不过美中不足的是序列显示的是两条链（正链和互补链），实际上一条链就够了，还有最好再和编码的氨基酸一切显示。这好办：先选中全序列（Ctrl-A），看到工具条中的（Translate Direct）图标了没，点它。哈哈果然翻译成功了。不要忘了看左右两侧的图标哟，点点看。（注意用户在发表文章的时候，一般在文章中发表自己克隆或表达的DNA序列，在DNA序列下面还有氨基酸序列，哈哈，这不帮你做到了。什么？内切酶怎么去掉，刚才你怎么加上去的就怎么解除吧，看看我下面的图不就是办到了）：9. 对 pBR322s text 文本描述进行操作拖动标尺，使文本区尽可能拉大。选中Restriction Map文件夹，然后找到工具条中的Expand Branch按钮，点它。其实这和双击restriction map文件夹是一样的，都是打开的意思，还有它左边的按钮。在找到Feature Map 文件夹，然后按 按钮。看到TC(R)了没，记住它。这是一个四环素抗性基因，在第7章中将详细叙述如何将这段基因克隆到载体PUC19中。10. 将 pBR322s 文本区和图区、序列区连接起来（可以让你一个一个的细细品位PBR322的每个细小结构，全部看可能会眼花，那就一个一个的看吧）激活文本区，然后找到（Link Panes）按钮，点它。完了，PBR322的图区上的任何标记都没了，成了一个圆圈。还有，序列区的酶切标记也没了。哈哈，不用急，先点文本区的Restriction Map文件夹，然后点按钮打开文件夹里面的分支。现在看看，酶切标记又重新显示出来了。激活图形区，找到（Standard Arrangement）按钮了没，点它。会发现酶切图谱显示的方式和刚才不一样了，这是标准方式。在文本区中选中feature map文件夹，点打开，发现图形又变了。依次关掉feature map中的其他文件夹，只留TCR，此时图中只有TCR一个标记了。最后别忘了再点一下链条，发现图又回到原样。如下图：（看看上面的时钟都23：12了，该睡觉了），明天继续。11. 打印 pBR322s 文本description, 图形 map, 和序列 sequence打印文本：先激活文本区，（就是active pane右边的第一个按钮，或者直接用鼠标在本文区点一下），然后按expand branch按钮打开文本区内的所有文件夹，然后点打印。同样要想打印图形或序列，先激活其所在的选区，然后按打印机图标即可。 12.为 41BB_HUMAN创建显示窗口点击窗口下面的exploringlocal vector NTI database图标，打开打开Explorer窗口，点击窗口左上角的下拉式菜单，选Protein Molecules (MAIN)数据库。找到41BB_HUMANs并双击。打开窗口如下：窗口显示结构和DNA序列的显示窗口一致，也包括文本区，图形区和序列区三部分。菜单和工具条也基本一样。在文本区中双击Analysis文件夹，则蛋白自动分析结果以表格的形式在下面显示出来。下面我们把这两个表格拷贝到word文档中，先用shift+鼠标将两个表格选中，然后点工具条中的照相机（camera）命令，在出现的对话框中可以看到序列的range中的selection已被选中，点Copy.，然后打开一个word文档，粘帖（ctrl-V）,则表格被完整的拷贝到word文档中了。如下所示：Length255 aaMolecular Weight27897.66 m.w.1 microgram =35.845 pMolesMolar Extinction coefficient112501 A280 corr. to2.48 mg/mlA280 of 1 mg/ml0.40 AUIsoelectric Point8.13Charge at pH 73.72Amino Acid(s)Number count% by weight% by frequencyCharged (RKHYCDE)8336.6832.55Acidic (DE)2510.859.80Basic (KR)2914.4311.37Polar (NCQSTY)9034.0835.29Hydrophobic (AILFWV)6727.0626.27A Ala113.024.31C Cys259.339.80D Asp114.514.31E Glu146.345.49F Phe168.146.27G Gly214.858.24H His20.960.78I Ile72.832.75K Lys135.855.10L Leu218.488.24M Met31.381.18N Asn124.884.71P Pro186.387.06Q Gln125.404.71R Arg168.586.27S Ser227.128.63T Thr176.246.67V Val113.974.31W Trp10.630.39Y Tyr21.120.78B Asx239.399.02Z Glx2611.7410.20X Xxx00.000.0013. 为1B14_HUMAN创建显示窗口重新回到exploringlocal vector NTI database窗口，找到1B14_HUMAN分子并双击打开。如下图：注意该蛋白分子图形上的各种特征显示的十分紧凑，大有眼花缭乱的感觉，为了方便起见，我们可以按刚才介绍的link命令来逐一显示各个feature。操作方法和DNA分子一致。关闭窗口，结束，当最后一个窗口关闭是屏幕提示this will end your vector NTI session,点确定（OK）关闭。第二章：Chapter 2Tutorial: Molecule Operations分子操作目的：对pBR322 的 general data, feature map, and sequence进行编辑（注意蛋白质和DNA分子的操作是一样的）1. 登录Vector NTI程序（刚刚说完，不用再教了吧）2. 打开 pBR322的显示窗口（再罗嗦一遍吧，程序vector NTIExploring local vector NTI Database DNA/RNA Molecules (MAIN)PBR322，双击。）3. 对 pBR322s 的常用数据（general data）进行编辑在文本区的最上面，双击PBR