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如何用 ncbi 设计引物1.打开 ncbi 主页,在选项栏选择 gene,输入要搜索的基因名字,如果有 ID 号,可以直接搜索 ID。2.在结果页找到 genebank,获得目的基因序列3.目的基因序列1. 获得目的基因序列之后,可以选择最简单粗暴的方法复制粘贴到 seqbuilder,或者从ncbi 导出文件,如图,右上角有个 send,点开可以选择输出文件。一般选择 FASTA 格式。如果想直接用 ncbi 在线设计引物的,可以选择 pick premiers ,想要验证特异性的点击run blast 接着继续说设计引物,跳转到引物设计页面之后,模板就已经输入好了,我们只需要调整一下引物的参数,如果产物长度啊,引物 Tm 值之类的在页面最下方还有一个 advanced parameters,点开会有更详细的引物参数可以修改,一般默认的就够用啦,不太需要改变 参数选好之后,最后就可以点击 get premier 得到引物结果。Detail reports 有每一条引物的详细数据。虽说 premier blast 使用很方便,但是引物的可选择性太少,所以大部分人都是手动或者软件设计,最后再用 blast 验证特异性。如何验证特异性?1. 打开 ncbi 主页,点击 blast2. 输入要验证的序列,选择合适的数据库,选择要验证的基因组,点击 blast,结果就出来啦。结果页首先是序列的基本信息,后面会有详细图谱, 每个同源序列的信息也会列出来 基本就是这样子了,设计引物就是一个不停筛选的过程。
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