鸭鸭小眼畸形相关的转录因子（小眼畸形相关的转录因子（Microphthalmia-associated Transcription Factor- M，MITF-M）基因克隆与鸭基因克隆与鸭小眼畸形相关的转录因子的结构分析小眼畸形相关的转录因子的结构分析1.同源比对，同源序列:用什么软件？1.Clutal W2.用 MEGA 可以比对和建树3.Bioedit 可以查看 Clustal 比对结果4.使用 LaserGene一般用 DNAman 也行 2.寻找保守区对设计引物：用什么软件？可以用软件 primer premier5 设计简并引物 MITF-F344MITF-R7035-AAAGCAGGGTTGAGAGTGAGT-35-TGTGAGCTCCCTTTTTATATT-33. RT-PCR,5-UTR 和 3-UTR 的 RACE 扩增4. 小眼畸形转录因子 cDNA 序列AAGCAGTGGTATCAACGCAGAGTACGCGGGGAAAGCAAAGGATATTGCAGTCACTTCTCTCACAACCTATAAGTATTATGCTGGAAATGCTTGAGTATAATCATTATCAGGTGCAGACTCACCTTGAGAACCCAACCAAGTACCATATCCAGCAAGCCCAGCGGCAGCAGGTAAAGCAGTACCTCTCTACCACTCTAGCGAATAAACACGCCAACCAAGCCCTGAGCTTGCCATGTCCAAACCAGCCCGGTGATCATGTCATGCCGCCTGGAACTGGAAGCAGCGCGCCCAACAGCCCGATGGCCATGCTCACGCTTAGCTCCAACTGTGAAAAAGAGGGATTTTATAAATTTGAAGAGCAAAGCAGGGTTGAGAGTGAGTGCCCGGCTCTGAATACACACTCTCGAGCATCATGCATGCAGATGGACGATGTGATCGATGACATAATTAGTCTAGAATCAAGCTACAATGAAGAAATCCTTGGCTTGATGGACCCGGCCTTGCAGATGGCAAACGCGTTGCCTGTGTCTGGGAATTTGATTGACCTTTATGGCAACCAAAGCATGCCGCCTCCAGGACTAAACATCAGCAACTCGTGTCCAGCTAATCTTCCTAATATAAAAAGGGAGCTCACAGAGTCAGAAGCAAGAGCATTGGCTAAGGAGAGGCAAAAGAAAGACAATCACAACTTGATTGAACGAAGAAGAAGATTCAATATTAACGATCGTATAAAAGAACTAGGCACTTTGATACCCAAGTCAAATGACCCGGATATGCGCTGGAATAAGGGAACTATTCTGAAAGCATCAGTGGACTACATTCGTAAGCTTCAAAGAGAACAGCAACGCACAAAGGAACTTGAGAACAGGCAGAAGAAATTGGAACATGCCAACAGGCATCTGCTGCTCAGAATACAGGAACTTGAGATGCAAGCTCGGGCACATGGACTGTCCCTTGTGCCATCCACCGGCCTTTGCTCCCCTGATATGGTCAACAGGGTCATCAAACAAGAACCCGCGCTGGACAACTGCAACCAAGACATCATGCCGCACCACACAGACCTGTCTTGCACGACCACCCTTGATCTCACTGACGGTACCATCACCTTCAGTGACAACCTCGGAAACATGACTGAACCGACCGGCACTTACAGTGTTCCTACAAAAATGGGATCCAAACTGGAAGATATCTTGATGGACGATACCCTCTCTCCCGTAGGAGTAACTGACCCGCTACTTTCCTCCGTGTCTCCCGGAGCATCGAAAACAAGTAGCAGGCGGAGCAGTGTGAGCATGGAGGACACCGACCATGCTTGTTAGCAAATACTTGGCACACCTTTCATAAACTGCTTTGTTTCTTGATCAGTAGATGAAATAATTTGCCTTTTGTAGAATTTTTTTGATTTTTTTTCTTGTGCTTCATCAGTAGCCCAGTGTGTGTGCGTGTGTGTATATATTATATATATAGGATTTTTTTTAGATTTTTTTGTGAAGAAACTTGTATATTCTATTTTAAAACTACCAATGCCTCCAAATATATTGTACAGCATATGTACAGTATCTGTGAACTGGATTCGCCAAGAACTTTGAACTGGTCAAATCTACTCAAAGCAATAGAATTACAAATGAAGAGTCTTTCTACTGGGGGGTGGGAGTCATAGAACTGTAAATGCAACCTATTCACTTGGAGACAAAATGTAAATTTAAAGAATGTAAAGATACCAAAAAAAGTCCAATTTGTAATTGTATTGATTTAATAGTGCTGCCTTAAAGATACAGTGTCCATCAAACTTTAGTCTTTATAGACAAGTGTTTAGGGAAAAAACAACAAACCACTCTATTCCATTCAGAATACAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA5. 基因编码的氨基酸序列：利用什么软件？DNAman 氨基酸序列是什么？KQWYQRRVRGESKGYCSHFSHNL.VLCWKCLSIIIIRCRLTLRTQPSTISSKPSGSR.SSTSLP L.RINTPTKP.ACHVQTSPVIMSCRLELEAARPTARWPCSRLAPTVKKRDFINLKSKAGLRV SARL.IHTLEHHACRWTM.SMT.LV.NQATMKKSLA.WTRPCRWQTRCLCLGI.LTFMATKA CRLQD.TSATRVQLIFLI.KGSSQSQKQEHWLRRGKRKTITT.LNEEEDSILTIV.KN.AL.YPS QMTRICAGIRELF.KHQWTTFVSFKENSNAQRNLRTGRRNWNMPTGICCSEYRNLRCKLG HMDCPLCHPPAFAPLIWSTGSSNKNPRWTTATKTSCRTTQTCLARPPLISLTVPSPSVTTSE T.LNRPALTVFLQKWDPNWKIS.WTIPSLP.E.LTRYFPPCLPEHRKQVAGGAV.AWRTPTML VSKYLAHLS.TALFLDQ.MK.FAFCRIFLIFFLVLHQ.PSVCACVYILYI.DFF.IFL.RNLYILF.N YQCLQIYCTAYVQYL.TGFAKNFELVKSTQSNRITNEESFYWGVGVIEL.MQPIHLETKCKF KECKDTKKSPICNCIDLIVLP.RYSVHQTLVFIDKCLGKKQQTTLFHSEYKKKKKKKKKSSGINAEYAGKAKDIAVTSLTTYKYYAGNA.V.SLSGADSP.EPNQVPYPASPAAAGKAVPL YHSSE.TRQPSPELAMSKPAR.SCHAAWNWKQRAQQPDGHAHA.LQL.KRGIL.I.RAKQG.E.V PGSEYTLSSIMHADGRCDR.HN.SRIKLQ.RNPWLDGPGLADGKRVACVWEFD.PLWQPKH AASRTKHQQLVSS.SS.YKKGAHRVRSKSIG.GEAKERQSQLD.TKKKIQY.RSYKRTRHFDT QVK.PGYALE.GNYSESISGLHS.ASKRTATHKGT.EQAEEIGTCQQASAAQNTGT.DASSGT WTVPCAIHRPLLP.YGQQGHQTRTRAGQLQPRHHAAPHRPVLHDHP.SH.RYHHLQ.QPRK HD.TDRHLQCSYKNGIQTGRYLDGRYPLSRRSN.PATFLRVSRSIENK.QAEQCEHGGHRPC LLANTWHTFHKLLCFLISR.NNLPFVEFF.FFFLCFISSPVCVRVCIYYIYRIFFRFFCEETCIFY FKTTNASKYIVQHMYSICELDSPRTLNWSNLLKAIELQMKSLSTGGWES.NCKCNLFTWRQNVNLKNVKIPKKVQFVIVLI.CCLKDTVSIKL.SL.TSV.GKNNKPLYSIQNTKKKKKKKKAVVSTQSTRGKQRILQSLLSQPISIMLEMLEYNHYQVQTHLENPTKYHIQQAQRQQVKQY LSTTLANKHANQALSLPCPNQPGDHVMPPGTGSSAPNSPMAMLTLSSNCEKEGFYKFEEQ SRVESECPALNTHSRASCMQMDDVIDDIISLESSYNEEILGLMDPALQMANALPVSGNLID LYGNQSMPPPGLNISNSCPANLPNIKRELTESEARALAKERQKKDNHNLIERRRRFNINDRI KELGTLIPKSNDPDMRWNKGTILKASVDYIRKLQREQQRTKELENRQKKLEHANRHLLL RIQELEMQARAHGLSLVPSTGLCSPDMVNRVIKQEPALDNCNQDIMPHHTDLSCTTTLDL TDGTITFSDNLGNMTEPTGTYSVPTKMGSKLEDILMDDTLSPVGVTDPLLSSVSPGASKTS SRRSSVSMEDTDHAC.QILGTPFINCFVS.SVDEIICLL.NFFDFFSCASSVAQCVCVCVYIIYI GFFLDFFVKKLVYSILKLPMPPNILYSICTVSVNWIRQEL.TGQIYSKQ.NYK.RVFLLGGGS HRTVNATYSLGDKM.I.RM.RYQKKSNL.LY.FNSAALKIQCPSNFSLYRQVFREKTTNHSIP FRIQKKKKKKKK6. MITF-M 结构分析：利用什么软件？结构特点是什么？