实验一 数据库的使用及序列比对实验目的1、掌握目前常用的数据库及相关网站2、掌握序列比对工具BLAST、FASTA的使 用方法。内容1.进入生物信息学中常用的一级数据库和二 级数据库网站，了解网站提供的服务信息 。2.根据给出的序列，利用BLAST、FASTA程 序在数据库中进行学列比对。序列一 (NCBIblast网址： http:/www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/）lesson.seq.screen.Contig34TTTTTTTTTTTTTTTTTAGTGCCAGTTTTTTTTTTTATTTGTAAAGCTCTGCCATAAACTTCTAGCGTGTGCCAATGGTCACCTGCCACACT CGCACCAGGTTGTCCGTGTAGCCAGCAAACAGAGTCTGGCCATCAGCAGACCAGGCCAGGGAGGTGCACTGGGGTGGTTCTGCCTTGCT GCTGGTACTGATAACTTCTTGCTTCAGTTCATCTACAATGATCTTTCCCTCTAAATCCCAGATCTTGATGCTGGGGCCTGTGGAGCACA CAGCCAGTAGCGGTTAGGGCTGAAGCACAGGGCGTTGATGATGTCCCCACCATCTAGCGTGTAAAGGTGTTTGCCTTCGTTGAGATCCC ATAACATGGCCTGGCCATCCTTGCCTCCAGAAGCACAGAGGGATCCATCTGGAGAGACAGTCACCGTGTTCAGATAGCCTGTGTGGCCA ATGTGGTTGGTCTTCAGCTTGCAGTTAGCCAGGTTCCATACCTTGACCAGCTTGTCCCAGCCACAGGAGACGATGATAGGGTTGCTGCT GTTGGGCGAGAAGCGGACACAAGACACCCACTCTGAGTGGCTCTCATCCTGGACAGTGTATTTGCACACACCCAGGGTATTCCATAGCT TGATGGTTTTATCTCGAGATCCAGAGACAATCTGCCGGTTGTCAGAGGAGAAGGCCACACTCAGCACATCCTTGGTATGGCCCACAAAT CGCCTCGTGGTGGTGCCCGTTGTGAGATCCCAGAAGGCGCAGGGTTCCATCCCAGGAGCCTGAGAGGGCAAACTGGCCATCTGAGGAGA TAACCACATCACTAACAAAGTGGGAGTGACCCCGCAGAGCACGCTGTGGAATTCCATAGTTGGTCTCATCCCTGGTCAGTTTCCACATG ATGATGGTCTTATCTCGAGAGGCGGAGAGGATCATGTCCGGGAACTGCGGGGTAGTAGCGATCTGGGTTACCCAGCCGTTGTGGCCCTT GAGGGTGCCACGAAGGGTCATCTGCTCAGTCATGGCGGCGGCGAGAGCGTGTTCGCTGCAGCGACGAGGATGGCACTGGATGGCTTAGA GAAACTAGCACCACAGTCGACC序列二query_seqMSDNGPQSNQRSAPRITFGGPTDSTDNNQNGGRNGARPKQRRPQGLPNNTASWF TALTQHGKEELRFPRGQGVPINTNSGPDDQIGYYRRATRRVRGGDGKMKELSP RWYFYYLGTGPEASLPYGANKEGIVWVATEGALNTPKDHIGTRNPNNNAATVLQ LPQGTTLPKGFYAEGSRGGSQASSRSSSRSRGNSRNSTPGSSRGNSPARMAS GGGETALALLLLDRLNQLESKVSGKGQQQQGQTVTKKSAAEASKKPRQKRTAT KQYNVTQAFGRRGPEQTQGNFGDQDLIRQGTDYKHWPQIAQFAPSASAFFGMS RIGMEVTPSGTWLTYHGAIKLDDKDPQFKDNVILLNKHIDAYKTFPPTEPKKDKKK KTDEAQPLPQRQKKQPTVTLLPAADMDDFSRQLQNSMSGASADST QA具体步骤1.登陆blast主页http:/www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/ 2.根据数据类型，选择合适的程序 3.填写表单信息 4.提交任务 5.查看和分析结果作业 将序列一和序列二在数据库中查询的结果 分值最高的前十个序列信息整理到word文 档中，发到邮箱61452112qq.com 在文件名中写清楚班级、学号、姓名选择物种选择blast程序选择数据库序列或目标序列的GI号以文件格式上传与核酸相关的数据库与蛋白质相关的数据库这里一般都是默认值点击这里有更详细的参数设置显示的最大结果数E值配对与错配空位罚分进行比对的数据库图形化结果blast结果的描述区域。注意分值与E值。分值越大越靠前了， E值越小也是这样最大序列 相似度序列覆盖 度最大评分随机匹配 的可能性Blast程序评价序列相似性的两个数据Score：使用打分矩阵对匹配的片段进行打分 ，这是对各对氨基酸残基（或碱基）打分求和 的结果，一般来说，匹配片段越长、 相似性越 高则Score值越大。E value:在相同长度的情况下，两个氨基酸残 基（或碱基）随机排列的序列进行打分，得到 上述Score值的概率的大小。E值越小表示随机 情况下得到该Score值的可能性越低。E值（Expect)：表示随机匹配的可能性，E 值越大，随机匹配的可能性也越大。E值接 近零或为零时，具本上就是完全匹配了。一致性(Identities)：或相似性。匹配上 的碱基数占总序列长的百分数。缺失或插入（Gaps）：插入或缺失。用“ “来表示。