在肿瘤中普遍存在着自噬通路缺失或者减弱的现象，自噬与肿瘤间存在着联系，三条与自噬相关的通路是： （1）Beclin 依赖性的 PI3K 信号通路； （2）PI3K-AKT-mTOR 信号通路对自噬存在着抑制的作用； （3）内质网应激也能导致自噬反应的发生。 当细胞应激反应较长或者应激过度的时候，自噬反应会引起 caspase 依赖性的细胞的凋亡。 在某些肿瘤细胞中， 少量的自噬能够促进肿瘤的存活， 但当自噬过度的时候，细胞便会发生凋亡，自噬在肿瘤的发生发展过程中作用非常复杂。 内质网降解蛋白的两个主要途径， （1）形成蛋白酶体通过泛素途径对内质网中的错误蛋白进行降解 ERAD。 （2）形成自噬小体。 自噬在不同的细胞环境以及不同种类的细胞中发挥着不同的作用： （1） 自噬在有些细胞中与 ERS 一起促进细胞的存活，若想促进细胞的凋亡，需要抑制自噬反应。 如乳腺癌细胞， 在 multiple myeloma 细胞中,适度的自噬对 MM 的存活很重要,抑制自噬反应时会导致细胞凋亡反应的增强. （2） 有些细胞中,自噬反应促进了细胞的凋亡,在有些已经对凋亡产生拮抗的肿瘤细胞中,通过自噬反应促进细胞的凋亡很重要. 总结的说:到底是促进细胞的自噬还是抑制细胞的自噬反应主要根据细胞的环境来定. HSP70 以及 HSP90 作为辅助蛋白折叠的分子伴侣，在正常的细胞中都有表达，在发生内质网应激的细胞中表达量会增高。 HSP90 在肿瘤细胞中的表达量会增高 2-9 倍，因此，它的抑制剂是一种很重要的抗肿瘤的药物。有实验表明肿瘤细胞对 HSP90 抑制剂的敏感性比普通的细胞要高 100 倍，因此，该药的应用前景更为广阔。对 HSP90 的抑制可以表现为诱导凋亡，对肿瘤血管生成的抑制作用，抑制肿瘤细胞的迁移作用。HSP90 与PERK，IRE1，ATF6 也会发生作用，因此，HSP90 的抑制剂可以阻断内质网应激反应，UPR 反应在肿瘤的存活过程中发挥了很重要的作用，因此该抑制剂对肿瘤也会有抑制作用。 GRP78 不仅可以辅助蛋白的折叠，在内质网中，它还可以与钙离子结合从而保持钙离子的稳态。它主要作为一种辅助蛋白质折叠的促进存活的因子。当阻断它的时候，便可以加剧内质网应激反应的发生，从而导致细胞的死亡（这种死亡可能是通过自噬反应导致的） 。 前列腺癌细胞中表达 GRP78 以及表面表达 GRP78时，该癌细胞的增殖转移能力便会增强。 当病人感染 HIV 病毒时，该病人得恶性肿瘤的可能性比较低，因此发现 HIV蛋白酶的抑制剂可能在抗肿瘤的过程中发挥了重要的作用。在卵巢癌中发现，HIV 蛋白酶抑制剂（saquinavir）可以通过内质网应激所导致的自噬以及凋亡促进肿瘤细胞的凋亡。 但是在 NACLC 细胞中发现内质网相关的自噬是一种促进存活的方式。抑制自噬可以促进细胞的凋亡反应。总结的说，自噬在凋亡中具有双面的作用，因此需要在肿瘤的治疗中根据具体的情况来研究自噬反应的作用。 HADC6 可以招募未折叠的蛋白并把它们送入自噬的途径用于降解， 理论上，抑制 HADC6 的活性可以加剧内质网应激反应并且促进凋亡反应。它的抑制剂（tubacin）常与 bortezomib 联用，来增强该药的效果。 Selenium 能增强肿瘤细胞对化疗药物或者放疗治疗的的敏感性，增强化疗药物或者放疗对肿瘤细胞的毒性，降低它们对普通细胞的毒性。 FAS 的抑制剂能够促进 ERS 反应，该抑制剂与 thapsigargin（能够改变钙离子的稳态）合用能够增强细胞的凋亡。