目的： 寻找promoter区域 预测Transcription factor binding site举例： 预测人基因ANKH上游2000bp启动子区域中NF-kB的结合位 点寻找promoter区域 用NCBI：http:/www.ncbi.nlm.nih.gov/ 用UCSC：http:/www.genome.ucsc.edu/ 用Ensembl：http:/www.ensembl.org/index.html 用公司信息（只包含公司拥有promoter clones的信息）： http:/www.genecopoeia.com/寻找promoter区域NCBI ttp:/www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/ 选择Gene, 输入ankh,点击search 选择第一项，人类Homo sapiens的ANKH Chromosome 5 location 14704909-14871887, complement(反义链)即-14871887 到 -14704909 为基因范围 此例中选取-14873887 到-14871887 约2000bp核苷酸序列作为启动子区域寻找promoter区域图 形 显 示FASTA格式 显示的核苷 酸序列 输入序列可以 查询染色体位 置ANKH gene在 反义链上，所 以用负数表示可以查询具体 核苷酸序列点击Graphics-Tools-Sequece Text View寻找promoter区域点击Go To Position, 输入-14873887，点击Prev Page找到具体位置 复制白底黑色区域即为promoter区域。白底黑字 为启动子 区域紫底黑字 为基因区 域粉底黑字为编 码区，ATG为 启示密码子寻找promoter区域在前两张幻灯片中选择FASTA 在右边Change region shown输入14871887到14873887 Display options选择Show reverse complement 可以直接得到FASTA格式的promoter核苷酸序列（似乎有一个bp的差距， 可以输入14871887到14873886 ）寻找promoter区域http:/www.genome.ucsc.edu/ 选择genomes 在clade选择Mammal，genome选择Human，assmebly选择最新的数据库，gene中输入ANKH 点击Tables 在track中选择RefSeq Genes，在output format中选择sequence 点击get output。 选择genomic。寻找promoter区域选择Promoter/Upstream by 2000 bases Exons in upper case, everything else in lower case外显子大写，其他小写寻找promoter区域选择Promoter/Upstream by 2000 bases Exons in upper case, everything else in lower case外显子大写，其他小写寻找promoter区域小写字母为promoter区域大写字母为基因区域，与NCBI结果相 同ATG为CDS区起始密码子寻找promoter区域http:/www.ensembl.org/index.html 选择human 输入 ankh 选择Gene，点击 GeneID ENSG00000154122 点击左边的Export data 寻找promoter区域5 Flanking sequence 输入2000 Options for FASTA sequence中Genomic选5 Flanking sequence， deselect all 点击Next（不管正反此法都适用）寻找promoter区域得到2000 bases 的核苷酸序列寻找promoter区域http:/www.genecopoeia.com/ 点击search product， 选择promoter clones，因为没有ANKH的信 息，此处输入FIBRONECTIN 选择目的基因寻找promoter区域点击click here to view the promoter sequence 得到promoter信息丁香园网友给出的方法 链接： http:/www.dxy.cn/bbs/topic/22383665预测Transcription factor binding site用Jaspar http:/jaspar.genereg.net/ 用PROMO http:/alggen.lsi.upc.es/cgi- bin/promo_v3/promo/promoinit.cgi?dirDB=TF_8.3 用TFSEARCH（据说用的是TRANSFAC很旧的数据库）http:/www.cbrc.jp/research/db/TFSEARCH.html 用商业数据库TRANSFAC（要付费）http:/www.gene-regulation.com/pub/databases.html/预测Transcription factor binding sitehttp:/jaspar.genereg.net/ 点击JASPAR CORE vetebrata 左边转录因子选择MA0061.1 NF-kappaB，右边输入ANKH启动子区域，点击 SCAN 结果得到5个 Transcription factor binding site， 其中Strand -1没有特殊意义 ，另外三个GGGAAATACC得分最高 预测Transcription factor binding sitehttp:/alggen.lsi.upc.es/cgi-bin/promo_v3/promo/promoinit.cgi?dirDB=TF_8.3 Step1 selectspecies选择human Step1 SelectFactors选择NF-kappaB T00590 Step2 SearchSites输入ANKH的promoter区域 结果中有一个位点TGGGAAATACCT，与JASPAR结果中得分最高的相同预测Transcription factor binding sitehttp:/www.cbrc.jp/research/db/TFSEARCH.html Enter a label for the sequence: 输入基因名字ANKH Enter your DNA sequence 输入ANKH的promoter区域 点击submit 结果中有2个NF-kap位点，其中正义链GGGAAATACC，与JASPAR结果中得分最高的相同