高斯和高斯view的基本操作Gaussview的使用必须要进行高斯的安装, 高斯的安装直接点击安装 程序中的SETUP.EXE，按照操作进行，安装过程中按照要求输入 PIN.txt文件中的pin码，然后安装GV，操作不走和高斯雷同。1、前期的准备：结构优化1、在Chemdraw里面画好分子，然后copy到Chem3D运用mm2进行初步的 优化。将静态位阻能相对较低的构型保存为pdb或者mol格式(mol更好)；2、Gaussview打开mol文件，保存gjf文件； 3、用Editplus软件打开gjf，进行修改并写入结构优化命令其中注意： 1、mol文件保存路径（英 文）；2、从单晶gif文件里面 copy的结构，注意：双 键和氢的数目，检查键 角的合理性，并手动完 善后，然后保存为gjf的 格式。如左上图所示。3、 Gaussview打开mol 文件，保存gjf文件时， 将write cartesians 的 ()去掉。如左下图所示Editplus修改命令行如图所示， 1、第一行为chk行，也就是计算中对于分子轨 道猜测的文件。书写为：%chk=文件名.chk；2、第二行为并行核的设置，8核写8。，4核写 4:%nproc=4;3、第三行为内存的设置：一帮情况下结构优化 内存设置大约为50MW到200MW，体系大可以 适当增加内存：%mem=400MW； 结构优化：内存不大 光学性质：内存稍微大点Editplus修改命令行4、第四行为命令行， b97d指的是方法，tzvp指 的是基组 opt指的是任务关键字，例如opt表示这 个任务为结构优化# b97d/tzvp opt；其中： 方法选择： 具有弱相互作用选：b97d,D3，M06-2X 一般情况下，没有金属选：b3lyp 基组选择：（用数学的方式描述分子轨道） 具有弱相互作用选：tzvp 不具有弱相互作用选：6-31g（d）或6-31g*5、第五行和第七行空置6、文件名5、第八行0表示分子带的电荷，1表示自旋多重 度 自旋多重度：2s+1原则 中性分子（0，1）、阴离子自由基（-2,5）、三 线态（3）Editplus修改命令行注意事项新建立的gjf文件在最后一般都会有一段参数描述，如果保存为Z矩阵模式则需去掉后面的参数，如上图 为去掉参数后的形式；下图为笛卡尔坐标且未去掉参数的形式，分子结构输入完成后要有1-2个空行过渡金属配合物的优化%chk=文件名.chk； %nproc=8; %mem=1000MW（不要超过2000mw机器最高线） # p opt b3lyp/gen（自定义基组）pseudo=read 5d 。 。（坐标） 空格一行 C H O N 0(零) 6-31g*（所有C H O N 都为这个基组计算） * M 0（M金属的元素符号，0-零） lanl2dz（所有的M用lanl2dz 计算） * 空格 M 0 lanl2dz 空格2、前期的准备：自己的电脑与工作站的连接计算机账户与密码10.20.156.1988核艮泰：root MSOS IAM iam (常用软件以及计算账户) MSOS MSOS gentai gentai jiewei 未知10.20.156.1994核京峰：root gmsos GMSOS gmsosxie (常用软件以及计算账户) Jf 未知 tai qwerty常用连接软件XSHELL, XFTP连接上之后， 如果想看工作站正在工作的情况，在命令行中输入：top 后回车 在PID USER中看cpu的使用情况3、开始计算：文件传输通过Xftp软件将，写好的gjf文件传输到工作的计算机上，如上图。然后在工作 计算机上建立在sh文件，可以拖到自己电脑上，通过Editplus软件打开修改，格 式为： nohup 文件名.gjf 文件名.log & 。然后打开上面菜单栏，红色的Xshell， 进入命令输入模式，任务结束的两个判定标准Normal ！结构优化的任务中 前两个yes， 后两个 最好有2个yes4、结构优化可以得到的内容1：前线分子轨道；2：分子能量；3：电荷与静电势分布1）、建立f.chk文件2）、在Gaussview中打开fchk文件计算前线分子轨道3）、a：在Gaussview中打开f.chk文件看分子能量3）、b：在EditPlus中打开log文件看分子能量搜索文本中最后一个能量参数:SCF对应的E即为分子能量，单位：Hartree1 Hartree=27.2114ev= 2625.499 62 kJ/mol = 627.509 469 kcal/mol 4）、在Gaussview中打开f.chk文件看电荷5、利用结构优化做其他计算1：将log文件用GV打开保存为gjf文件 2：用Editplus软件打开修改命令行 3：td 指进行紫外吸收的计算， td opt指进行激发态优化6、紫外吸收光谱的计算一、原理：计算激发吸收，即为紫外吸收光谱二、gjf文件的书写在优化结构的gjf文件基础上修改%chk=文件名#opt geom=connectivity b97d tzvp改为#td（root=1，nstart=15） geom=connectivity b97d tzvp其中重金属：nstart=50计算完的log文件绘图三、绘图1、用GaussSun.exe 软件打开文件名.log文件，选：Electroic transions,UV-visable,然 后点击右边的图标，同时会在log文件所在的文件夹，生成GaussSun2.2的文件夹，记 载这个谱图的数据。2、将数据导入orgin 8.0中，归一化将计算激发态的log文件在Gausssun.exe中打开同时生成一对应文件夹gausssum2.2中有相关的紫外谱图数据Energy能量Wavelength波长Osc.strength振子强度：在给定的谱线内，和一个原子的吸收作用相等效的谐振子的数目 表征原子的吸收或发射的重要物理参数。经典电动力学把辐射或吸收的基本单元看作是谐 振子。电磁波的发射或吸收是由谐振子作简谐运动引起的。由此可以计算出一个振子的吸 收系数。在确定的谱线内通常把一个原子的吸收作用用等效的振子数表达，这个数就叫作 振子强度,常用f来表示。fik表示从分立能级i跃迁到k的振子强度。已知振子强度，就可求出 原子吸收系数。 另一文件:UVSpectrum.txt拖入origin 软件 ，作图，归一化。如果直接不行，就先将 数据拷贝到EXECL中，在origin 软件。7、荧光发射光谱的计算一、原理：将激发态优化后，在到激发态，即为荧光发射光谱二、gjf文件的书写1、优化激发态在激发态的gjf文件基础上修改#td（root=1，nstart=15） geom=connectivity b97d tzvp改为#空格opt td（root=1，nstart=3） geom=connectivity b97d tzvp2、从优化的激发态跃迁到激发态#空格opt td（root=1，nstart=3） geom=connectivity b97d tzvp改为#td（root=1，nstart=15） geom=connectivity b97d tzvp三、绘图1、用GaussSun.exe 软件打开文件名.log文件，选：Electroic transions,UV-visable,然 后点击右边的图标，同时会在log文件所在的文件夹，生成GaussSun2.2的文件夹，记 载这个谱图的数据。2、将数据导入orgin 8.0中，归一化8、势能面扫描一、原理固定分子中的某个参数：如二面角、键角、键长，沿着旋转的过程中能量的变化，找 出最稳结构 二、计算过程 1、修改坐标 打开GaussView， 点击 出现对话框，点击ADD，之后 选择旋转的条件:如图：选择bond 选择相应的键长 选择scan coordinate，多少step， 多少步长。 2、点击 Submit 3、results-scan 出现图 Save date 4、或者将数据导出用orgin8.0作图 拟合： Analysis-fitting-polynomial fit-open dial 出现对话框 polyorder2（一般）或者4 拟合，找出对应的数学公式常用的一些口令Xshell中 grep “Normal”*.out (看计算的文件是不是正确的) ls*. fchk(查看所有扩展名为fchk的文件) mv*./section1/serial 3 (将section1的数据移到serial 3中 ) mv*.文件扩展名/serial 3 (将文件扩展名的数据移到serial 3中 ) Ctrl+Z（中断当前指令） kill+PID号（结束当前命令）