ImageJ的入门使用http:/fiji.sc/Welcome http:/imagej.nih.gov/ij/Fiji Is Just ImageJImage J 是什么？ ImageJ是一个基于java的公共的图像处理 软件，它是由美国国立卫生研究院开发的 。可运行于Microsoft Windows，Mac OS ，Mac OS X，Linux，和Sharp Zaurus PDA等多种平台。Image J的功能有哪些 1、ImageJ能够显示，编辑，分析，处理， 保存，打印8位，16位，32位的图片， 支 持TIFF, PNG, GIF, JPEG, BMP, DICOM, FITS等多种格式。 2、ImageJ支持图像栈（stack）功能，即 在一个窗口里以多线程的形式层叠多个图 像， 并行处理。只要内存允许，ImageJ能 打开任意多的图像进行处理。 3、除了基本的图像操作， 比如缩放，旋转 ， 扭曲， 平滑处理外，ImageJ还能进行图 片的区域和像素统计， 灰度值或光密度值 的计算，间距，角度计算， 能创建柱状图 和剖面图，进行傅里叶变换，两种蛋白共 定位的程度等等文件，编辑，图形，处理，分析，插件，窗口，帮助菜单栏 工具栏 状态栏恢复（Revert）：恢复到上次保存后的状态取消：恢复到前一步，不过只能回退一步图像的翻转图像的缩放四种区域选择工具 选择之后，这些区域可以进行改变，分析，拷贝等。直线选择工具可以画直线、分段或任意形状的线（右键选择线的类型） ，双击该按钮可以改变直线的宽度。选择分析测量Analyse Measure(or Ctrl+M) 可以记录线的长度，使用Edit Draw (or Ctrl+D)可以使直线永久保留角度工具点工具点击角度按钮后可以画相交的直线可以测量形成的角 度，在状态栏可显示，选择分析测量 Analyse Measure(or Ctrl+M)，在结果窗口中显示角 度当自动测量（Auto-Measure）开启（默认是开启状态） 时，可以在状态栏显示图标所在位置的坐标和亮度魔棒魔棒工具和photoshop里的类似，可以自动发现目 标的边界并勾勒出形状。当图像明暗对比明显时尤 为有用。有时可配合阈值(Thresholding)使用。文字双击文字按钮可以选择字体并永久保留文本和大 小。单击按钮并按住左键拖出文本框，可以键入 需要的文字，文字颜色使用颜色吸管来选择。放大镜拖手颜色吸管动作宏菜单宏绘图工具条带灰度值分析 （可用于DNA电泳或western blotting条带的分析）1、打开图片， 转化为8 -bit灰度图 ImageType8bit 2、消除背景 ProcessSubstrate background 选中预览 （Preview），选择合适 的像素值（本例为30）3、方框工具选择并画出条带1， AnalyzeGelsSelect First Lane (快捷键Ctrl+1或数字1)4、在第一个边框边缘左键 拖动移至第二条带， AnalyzeGelsSelect N ext Lane (或Ctrl+2)， 重复该步骤，（快捷键一直 都是Ctrl+2 或数字2）所有边框选择完毕后， AnalyzeGelsPlot Lanes (快捷键Ctrl+3或3)。 提示：Ctrl+3不能多次按， 可改为 Analyse Gels Re plot LanesPlot Lanes 后将出现条 带的灰度曲线图，通过 条带所在位置的曲线围 成的面积得出其灰度或 密度值首先通过直线工具将 峰值部分封闭，如箭 头处所示。（也可添 加垂直方向的线）选择魔棒工具，选中封 闭区域，即可显示其面 积，也就是对应条带的 辉度值（图中2峰得出的 值分别为6166.598和 2995.477，所代表的条 带被窗口挡住了。）测量小鱼面积（图中黑色金鱼，标尺为原图片自带，正规应该放测量工具实物）1、转化为8-bit灰度图 ImageType8bit 2、直线工具在已知长度地方画 出直线（黄线所示）进入 Analyze Set Scale ,在设置 标尺（Set scale）窗口里会显 示直线的像素长度，键入实际 中的长度以及单位。这样就会 在像素和实际长度间建立联系 。选择 global， 表示其它图片 也将应用该标尺3、设置阈值 Image Adjust Threshold4、Analyze Analyze Particles, 键入微粒大小的下限 （为5）和上限，并且选择显示 轮廓（Show outlines）和显 示结果(Display Results)。点 击ok 5、结果，由于下限选择 了5平方厘米，所以只有 大金鱼的面积被测量。（ 右上角的小金鱼由于颜色 较浅，面积显示比较小， 不到5）Color Merge. Some cameras generate rgb images even of single color fluorescence In that case, the images have to be converted to 8-bit before processing.3D共聚焦图的合成这几张图该怎么计数呢？