翁蕾鸣 北京大学医学图书馆 信息咨询部 wenglmlib.bjmu.edu.cn文摘型数据库 PubMed 检索方法与技巧主要内容PubMed简简介是什么？PubMed特色服务务能干什么？PubMed检检索方法怎么用？其他辅辅助功能p创建机构：美国国家医学图书馆 下设的美国 生物技术信息中心(NCBI)1996年1月开始向全球开放p特色：免费、收录广、内容全、检索途径多 、检索体系完备、 文摘库，部分文献还可在 网上直接免费获 得全文。phttp:/pubmed.govPubMed简简介是什么？NCBI (National Center for Biotechnology Information，美国国立生物技术术信息中心)目前国际上几个重要分子生物信息网站之一成立的原因:已故的参议院议员Claude Pepper发现 计算信息处理方法对生物医学研究的重要性1988年11月4日成立是National Institutes of Health（NIH 美国国立卫生 研究院）底下的National Library of Medicine（NLM 美国国立医学图书馆 ）的部门之一NIH目前是全世界最大的生物医学研究单位。 PubMed简简介是什么？NCBI目前提供的生物信息资源主要分 为生物数据库库生物信息工具PubMed简简介是什么？生物数据库库永久数据的大的组织体结合计算机软件执行更新、查询与存取数据 的功能。容易取得信息并且只取得回答特殊生物问题 的信息Entrez： NCBI的数据库搜寻与存取系统， 可用来获取单一数据库或许多数据库的整合 数据。目前，NCBI提供的公开（Open Access）数 据库包括如下：PubMed简简介是什么？PubMed简简介是什么？NCBI目前提供的生物信息资源主要分 为生物数据库生物信息工具PubMed简简介是什么？Entrez一个整合的访问序列，定位，分类和结构数据的搜索和检 索系统。整合的数据库包括核酸序列，蛋白序列，大分子结构，全 基因组，和通过PubMed检索的MEDLINE。可以检索相关的序列，结构和参考文献。BLAST序列相似搜索程序，还可作为鉴别 基因和遗传特点的手段 。在小于15秒的时间内对整个DNA数据库执行序列搜索。附加软软件工具开放阅读框寻觅器（ORF Finder），电子PCR，序列提 交工具Sequin和BankIt。所有的NCBI数据库和软件工具可 以从HTTP或FTP来获得。PubMed简简介是什么？Entrez可以检索的数据库：Books 出版社提供之数字生医图书 与医生参考书籍数据库Cancer Chromosomes 美国国立癌症研究所的Mitelman Database of Chromosome Aberrations in Cancer数据库里已经整合好的cytogenetic、临 床与文献相关数据Conserved Domain Database（CDD），蛋白质功能区块保留序列数据库3D Domains，蛋白质功能区块立体结构数据Gene，包含许多物种的基因数据库Genome，包含超过800种物种的基因组数据库GENSAT，小鼠中枢神经系统基因表现图谱GEO Datasets，基因表现实验 与生物芯片数值结 果数据GEO Profiles，基因表现图谱HomoloGene，同源基因批注数据库Journals，期刊文献（包含PubMed）MeSH，医学主题词 数据库NCBI Web Site，所有NCBI网页NLM Catalog，美国国立医学图书馆馆 藏书目、期刊、视听数据目录Nucleotide sequence database，核酸序列数据库（包含GenBank、RefSeq 和PDB等三大序列数据库）PubMed简简介是什么？Online Mendelian Inheritance in Man (OMIM)，人类遗传 疾病相关文献 数据库PopSet，族群演化分析相关研究资料Protein sequence database，蛋白质序列数据库（包含Swiss-Prot、PIR 、PRF、PDB等数据库与从GenBank、RefSeq核酸序列转译 之蛋白质 序列资料）PubChem BioAssay，化学成分之生物活性筛选资 料PubChem Compound，小分子化学物质结 构PubChem Substance，具生物活性之化学物质筛选 数据PubMed，科学文献报导 数据库PubMed Central，科学文献数字全文数据库Site Search，可搜寻NCBI的网页与FTPSNP，单点核酸多样性数据库(dbSNP)Structure，分子模型数据(MMDB) Taxonomy，以核酸或蛋白质为 基础的分类学信息UniGene，人类unique基因序列数据库UniSTS，unique序列卷标地址数据库Entrez可以检索的数据库：PubMed简简介是什么？http:/www.medlive.cn/pubmed/pubmed_s earch.jsp（汉化）1. 要注册账号 2. 英文检索新版PubMed首页 特色： 简洁、清新 检索速度较快PubMed简简介是什么？PubMed数据范围数据类型：期刊论文、综述以及与其他数 据资源链接。特点：免费提供题录和文摘提供与原文的网址链接(部分免费获取） 提供检索词自动转换 匹配操作简便、快捷PubMed简简介是什么？PubMed简简介是什么？数据来源PubMed数据范围MEDLINE4800余种生物医学期刊，内容涉及医学、护理 、牙科、兽医、健康保健系统、前临床医学等 学科。这些期刊来源于美国和世界上70多个国 家和地区。文献量达1千2百多万条记录，并回溯到1966年 。记录中用PubMed-indexed for MEDLINE标记 表示 注 截止2006年3月15日PubMed公布的数据PubMed简简介是什么？OldMedline1950-1965年间发表的200多万篇文献没有MeSH字段和摘要记录中用PubMed-OLDMEDLINE for Pre1966 标记表示。PubMed数据范围PubMed简简介是什么？In process citation提供MEDLINE尚未经规范处理的数据。获MeSH词后，再加入MEDLINE。记录中用PubMed-in process标记表示。PubMed数据范围PubMed简简介是什么？Publisher Supplied Citations出版商直接向PubMed提供电子记录包括MEDLINE未收录的部分记录记录中用PubMed-as supplied by publisher标记表示。PubMed数据范围PubMed简简介是什么？PubMed not MedlinePubMed收录Medline不收录的文献。记录中用PubMed标记表示。PubMed数据范围PubMed简简介是什么？PubMed简简介是什么？数据来源主要内容PubMed简简介是什么？PubMed特色服务务能干什么？PubMed检检索方法怎么用？其他辅辅助功能1. 查查文献：查找目的文献的文摘题录 信息 书目文摘条目2千万余条，每年约增加 50万条（2011年数据） 2. 找全文： 获得部分文献的全文PMC（ Pubmed Center）可提供部分文献的全文提供可以获得全文的网站和数据库链 接 Linkout 3. 扩扩展阅读阅读 ：提供相关文献链接 Related citationsPubMed特色服务务能干什么？Pubmed小工具跟踪某一领域的最新进展Cubby（My NCBI)PubMed特色服务务能干什么？主要内容PubMed简简介是什么？PubMed特色服务务能干什么？PubMed检检索方法怎么用？其他辅辅助功能1. 检索机制自动转换 匹配功能(Automatic Term Mapping)对于输入的检索词，PubMed先按一定的词表顺序 进行对照匹配和转换 ，再进行检索。词表匹配转换 顺序是： MeSH表 期刊刊名注释表 短语表 作者索引短语检 索(Phrase Searching)要将短语作为一个词组进 行检索，可用双引号“ ” 将其引起来。如：“drug therapy”作为词组进 行检索的词，系统 不进行自动转换 匹配，也不进行MeSH词的扩检 。PubMed检检索方法怎么用？MeSH注释表包括MeSH词、副主题词、MeSH词相 关参照(也称款目词)、物质名称、物质名称同义词等。 如果输入的检索词在注释表中发现有匹配的词，则该 词将被作为MeSH词和自由词(即textword)同时进行检 索。例如，如果我们输入Vitamin h,PubMed会这样检 索：(“BiotinMeSHOR vitamin htw)vitamin h是MeSH词Biotin的款目词。包括期刊名全称、期刊名MEDLINE缩写、ISSN号。 例如，如果你输入“New England Journal of Medicine” ，PubMed将按“N Engl J Medta”查询。如果在MeSH注释表或期刊名注释表中未发现匹配的 词，PubMED就会检索来自MeSH、物质名称、题名和 文摘中多次出现的常用词组表，如果输入的检索词在以上词表中未找到，且该词后有 一或二个字母，PubMed就会查检作者索引。如果在作 者索引中仍未找到匹配词，PubMed就将该词组 分开并 重复上面的查找过程。如果还没有匹配词，PubMed将 该词组 的每个单词用AND组配并在所有字段中查找。布布尔尔逻辑组逻辑组 合合 检检索，常用的索，常用的 逻辑逻辑 关系关系词词有有 ANDAND，OROR， NOTNOT等等A BA B逻辑逻辑 与（与（ANDAND） -检检出出记录记录 中同中同时时含有含有检检索索词词AA和和检检索索 词词B.B.如：如：A AND B A AND B （AIDS and therapyAIDS and therapy ） 逻辑逻辑 非（非（NOTNOT） -在含在含检检索索词词AA的的记录记录 中，去掉含中，去掉含检检索索词词BB的的记录记录 。如：如：A NOT BA NOT B（ Hepatitis not Animal）逻辑逻辑 或（或（OROR） -检检出出记录记录 中含有中含有检检索索词词AA或或检检索索词词BB或同或同时时含有含有检检索索词词AA和和BB的文献。的文献。如：如：A OR B A OR B （ AIDS or Acquired Immunodeficiency Syndrome）A BPubMed检检索方法怎么用？2. 布尔逻辑 运算符3. 检索方法基本检索高级检 索限制检索主题检 索临床咨询PubMed检检索方法怎么用？PubMed简简介怎么用？www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmedwww.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed常用工具常用工具Welcome to PubMedWelcome to PubMed使用帮助使用帮助更多服更多服务务检检索索词输词输 入框入框高级检 索主题检 索限制检索 基本检索临床咨询PubMed检检索方法怎么用？默认检索字段 为主题、作者 、期刊PubMed检检索方法怎么用？一.基本检索关键词 、词