1,生物信息学 Bioinformatics,2,对生物信息学,你有多少了解?,3,什么是生物信息学？ 生物信息学与人类基因组计划,本节课主要告诉我们:,4,GCCATGGCGGCCGCGGGAATTCGATTTTGAGAGTGAGCATTTTGGGTTCCGGGGGGAGTATGGTCGCAAGGCTGAAACTTAAAGGAATTGACGGAAGGGCACCACCAGGAGTGGAGCCTACGGCTTAATTTGACCCAACACGGGGAAACTTACCAGGTCCAGACATAGTAAGGATTGACAGACTGAGAGCTCTTTCTTGATTCTATGGGTGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGAGCGATTTGTCTGGTTAATTCCGTTAACGAACGAGACCTCAGCCTGCTAAATAGCTATGTGGAGGTAACCCTCCACGGCCAGCTTCTTAGAGGGACTATGGCCGCTTAGGCCACGGAAGTTTGAGGCAATAACAGGTCTGTGATGCCCTTAGATGTTCTGGGCCGCACGCGCGCTTCACTGATGTATTCAACGAGTCTATAGCCTTGGCCGACAGGTCCGGGTAATCTTTGAAATTTCATCGTGATGGGGATAGATCATTGCAATTGTTGGTCTTCAACGAGGAATTCCTAGTAAGCGCGAGTCATCAGCTCGCGTTGACTACGTCCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCGTCGCTCCTACCGATTGAATGGTCCGGTGAAGTGTTCGGATTGCGGCGACGTGAGCGGTTCGCTGCCCGCGACGTTGTGAGAAGTCCACTGAACCTTATCATTTAGAGGAAGGAGAAGTCGTAACAAGGTTCCGTAGGTGAACCTGCGGAAGGATCATTGTCGATGCCTCACAATCAGATTGACCCGCGTACTCTGCGTTGATACCACTGCTTAATCACTAGTGAATTCGCGGCCGCCTGCAGGTCGACCATATGGGAGAGCTCCCAACGCGTTGGATGCATAGCTTGAGTATTCTATAGTGTCACCTAAATAGCTTGCGTATCATGTCATAGCTGTTTCCTGGTGTGAATTGTTATCCGCCTCACAATTCACAGGCGGCGGCCGCGGGAATTCGATTTTGAGAGTGAGCATTTTGGGTTCCGGGGGGAGTATGGTCGCAAGGCTGAAACTTAAAGGAATTGACGGAAGGGCACCACCAGGAGTGGAGCCTACGGCTTAATTTGACCCAACACGGGGAAACTTACCAGGTCCAGACATAGTAAGGATTGACAGACTGAGAGCTCTTTCTTGATTCTATGGGTGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGCGATTTGTCTGGTTAATTCCGTTAACGAACGAGACCTCAGCCTGCTAAATAGCTAGTTGGAGGTAACCCTCCACGGCCAGCTTCTTAGAGGGACTATGGCCGCTTAGGCCACGGAAGTTTGAGGCAATAACAGGTCTGTGATGCCCTTAGATGTTCTGGGCCGCACGCGCGCTTCACTGATGTATTCAACGAGTCTATAGCCTTGGCCGACAGGTCCGGGTAATCTTTGAAATTTCATCGTGATGGGGATAGATCATTGCAATTGTTGGTCTTCAACGAGGAATTCCTAGTAAGCGCGAGTCATCAGCTCGCGTTGACTACGTCCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCGTCGCTCCTACCGATTGAATGGTCCGGTGAAGTGTTCGGATTGCGGCGACGTGAGCGGTTCGCTGCCCGCGACGTTGTGAGAAGTCCACTGAACCTTATCATTTAGAGGAAGGAGAAGTCGTAACAAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGCGGAAGGATCATTGTCGATGCCTCACAATCAGATTGACCCGCGTACTCTGCGTTGATACCACTGCTTAATCACTAGTGAATTCGCGGCCGCCTGCAGGTCGACCATATGGGAGAGCTCCCAACGCGTTGGATGCATAGCTTGAGTATTCTATAGTGTCACCTAAATAGCTTGCGTATCATGTCATAGCTGTTTCCTGGTGTGAATTGTTATCCGCCTCACAATTCGCCATGGCGGCCGCGGGAATTCGATTTTGAGAGTGAGCATTTTGGGTTCCGGGGGGAGTATGGTCGCAAGGCTGAAACTTAAAGGAATTGACGGAAGGGCACCACCAGGAGTGGAGCCTACGGCTTAATTTGACCCAACACGGGGAAACTTACCAGGTCCAGACATAGTAAGGATTGACAGACTGAGAGCTCTTTCTTGATTCTATGGGTGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGAGCGATTTGTCTGGTTAATTCCGTTAACGAACGAGACCTCAGCCTGCTAAATAGCTATGTGGAGGTAACCCTCCACGGCCAGCTTCTTAGAGGGACTATGGCCGCTTAGGCCACGGAAGTTTGAGGCAATAACAGGTCTGTGATGCCCTTAGATGTTCTGGGCCGCACGCGCGCTTCACTGATGTATTCAACGAGTCTATAGCCTTGGCCGACAGGTCCGGGTAATCTTTGAAATTTCATCGTGATGGGGATAGATCATTGCAATTGTTGGTCTTCAACGAGGAATTCCTAGTAAGCGCGAGTCATCAGCTCGCGTTGACTACGTCCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCGTCGCTCCTACCGATTGAATGGTCCGGTGAAGTGTTCGGATTGCGGCGACGTGAGCGGTTCGCTGCCCGCGACGTTGTGAGAAGTCCACTGAACCTTATCATTTAGAGGAAGGAGAAGTCGTAACAAGGTTCCGTAGGTGAACCTGCGGAAGGATCATTGTCGATGCCTCACAATCAGATTGACCCGCGTACTCTGCGTTGATACCACTGCTTAATCACTAGTGAATTCGCGGCCGCCTGCAGGTCGACCATATGGGAGAGCTCCCAACGCGTTGGATGCATAGCTTGAGTATTCTATAGTGTCACCTAAATAGCTTGCGTATCATGTCATAGCTGTTTCCTGGTGTGAATTGTTATCCGCCTCACAATTCACAGGCGGCGGCCGCGGGAATTCGATTTTGAGAGTGAGCATTTTGGGTTCCGGGGGGAGTATGGTCGCAAGGCTGAAACTTAAAGGAATTGACGGAAGGGCACCACCAGGAGTGGAGCCTACGGCTTAATTTGACCCAACACGGGGAAACTTACCAGGTCCAGACATAGTAAGGATTGACAGACTGAGAGCTCTTTCTTGATTCTATGGGTGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGCGATTTGTCTGGTTAATTCCGTTAACGAACGAGACCTCAGCCTGCTAAATAGCTATGTGGAGGTAACCCTCCACGGCCAGCTTCTTAGAGGGACTATGGCCGCTTAGGCCACGGAAGTTTGAGGCAATAACAGGTCTGTGATGCCCTTAGATGTTCTGGGCCGCACGCGCGCTTCACTGATGTATTCAACGAGTCTATAGCCTTGGCCGACAGGTCCGGGTAATCTTTGAAATTTCATCGTGATGGGGATAGATCATTGCAATTGTTGGTCTTCAACGAGGAATTCCTAGTAAGCGCGAGTCATCAGCTCGCGTTGACTACGTCCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCGTCGCTCCTACCGATTGAATGGTCCGGTGAAGTGTTCGGATTGCGGCGACGTGAGCGGTTCGCTGCCCGCGACGTTGTGAGAAGTCCACTGAACCTTATCATTTAGAGGAAGGAGAAGTCGTAACAAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGCGGAAGGATCATTGTCGATGCCTCACAATCAGATTGACCCGCGTACTCTGCGTTGATACCACTGCTTAATCACTAGTGAATTCGCGGCCGCCTGCAGGTCGACCATATGGGAGAGCTCCCAACGCGTTGGATGCATAGCTTGAGTATTCTATAGTGTCACCTAAATAGCTTGCGTATCATGTCATAGCTGTTTCCTGGTGTGAATTGTTATCCGCCTCACAATTC,Where?,Go?,天 书,5,Where?,Go?,6,Out of Africa,1. 人类(现代智人)大约起源于100,000200,000年前 2. 45,000年前走出非洲。 3. 根据线粒体基因组构建进化树，进行系统发育树的分子进化分析。,7,53个人的线粒体基因组(16,587bp),8,人类迁移的路线,9,生物学背景？分子生物学基因工程 数学？统计学，模型，算法 计算机科学背景？ Linux/Perl/PHP/JAVA/C+/Visual Basic,10,生物信息学？新兴的交叉学科,Mathematical sciences,Computer sciences,Life sciences,11,What is bioinformatics?,生物信息学： 研究对象：生物学（核酸蛋白质） 研究内容：数学模型；生物学范畴 研究工具：计算机科学（程序） 研究人员：计算机科学家生物学家,12,So,采用信息科学技术，借助数学、生物学的理论、方法，对各种生物信息（包括核酸、蛋白质等）的收集、加工、储存、分析、解释的一门学科。收集、加工、储存：计算机科学家 分析、解释：生物学家,生物信 息学,13,生物信息学的学习人员： 1）学习生物信息学是为了发展生物信息学 计算机科学家 2）学习生物信息学是为了应用生物信息学 分子生物学家 我们属于,14,15,Course content,生物信息学的资源 生物信息学工具（软件、程序）的介绍和使用 基本的生物信息学原理（模型） 生物信息学分析的思路 基本生物信息学软件的编写能够学有所用是根本！,16,17,http:/zhanglab.njau.edu.cn/bioxmsetup26.exe For WinXP/Vista,18,References,张成岗等生物信息学方法与实践，科学出版社，2002 黄韧等。生物信息学网络资源与应用，中山大学出版社，2003 钟扬等简明生物信息学，高等教育出版社，2001 孙啸等，生物信息学基础，清华大学出版社，2005 J.Pevsner. 生物信息学与功能基因组学, 化学工业出版社.孙之荣译. 2006. ,19,关于上机,地点：生科楼B2017 时间： 第1-10周: 周四6-7 第11-18周:选择1：周五10-11节（19:00-20:30)选择2：周一，二或四：12-13节(20:40-22:10)每次理论课之后会通知大家。,20,关于成绩,平时成绩: 30%主要是出勤记录(扣分) 课堂表现(加分)期末考试: 70%,