,第二章 病毒的分类与命名,为什么要对病毒进行分类？ 1、系统分类 根据病毒间的亲缘关系来进行划分成一定类群科学名称适当描述 2、实用：按照一定的分类系统制成分类表，以便对未知病毒进行鉴定。 由于在性质上毫不相关的病毒具有相同的形态特征，且病毒具有特殊的繁殖方式，主要采用复制方式来完成生长，（不像普通生物用双分裂或芽殖来达到生长的目的）并且具有种类繁多的核酸类型，例如病毒有DNA病毒或RNA病毒，还分为单、双链，线、环状，进一步分为侵染性、非侵染性。,病毒在生长繁殖中容易发生变异，产生缺损病毒，假病毒，所有这些现象给病毒的分类造成很大的困难。 在现今水平，要得到一个既能反映病毒的进化，又能体现病毒间亲缘关系的自然的分类系统，难度比较大。,第二章 病毒的分类与命名,目前已发现的病毒的种类约4000多种。 为了使如此多的病毒种类能够得到科学的命名和分类，国际病毒分类委员会(International Comittee on Taxonomy of Viruses, ICTV)已提出和多次修订了病毒的命名和分类原则，并且建立了由目、科（亚科）、属和种分类阶元构成的病毒分类系统。,1937年 Levaditi和Lepine就曾根据病毒对组织的亲和性进行分类。1948年 Holmes提出根据病毒所引起的宿主症状的分类方案。1950年 第五届国际微生物学会提出了有关病毒分类的8项原则。1963年 国际微生物命名委员会病毒分会根据安德鲁斯(Andrewes) 提出的分类建议提出了新的8项分类原则： 核酸的类型、结构和分子量； 病毒粒子的形状和大小； 病毒粒子的结构； 病毒粒子对乙醚、氯仿等脂溶剂的敏感性； 血清学性质和抗原关系； 病毒在细胞培养上的繁殖特性； 对除脂溶剂以外的理化因子的敏感性； 流行病学的特征。,一、病毒的命名与分类系统进展概况,病毒的分类和命名大事记,1966年 在莫斯科举行的第九届国际微生物学会上成立了国际病毒命名委员会（International Committee on Nomenclature of Viruses, ICNV），并通过了上述 新的8项分类原则。1971年 ICNV公布了关于病毒分类和命名的第一次报告，将当时了解得比较清楚的500多种病毒分为RNA和DNA病毒两大类，并且分为43个病毒属。1973年 ICNV正式更名为国际病毒分类委员会(International Committee on Taxonomy of Viruses, ICTV)。1976年 ICTV公布了病毒分类和命名的第二次报告，将病毒已建立的属（组）按宿主分为五大类。1979年 公布了病毒分类和命名第三次报告，并根据病毒核酸类型，包膜有无将病毒分为7大类，总共有53个科（组或群）。,病毒的分类和命名大事记,一、病毒的命名与分类系统进展概况,1982年 公布了病毒分类和命名第四次报告，将7大类病毒分为54个科（组）和5个可能的科。同时还提出了22条病毒命名的规则和新的病毒分类方案。病毒总数为1372种。 1991年 ICTV公布了病毒和命名第五次报告，将2430种病毒分类73个科（组），比第四次报告增加了19个科（组），并且首次公布了比科更为高级的分类阶元，即单分子负链RNA病毒目。 1995年 ICTV公布了病毒分类和命名第六次报告，将现在所知约4000多种病毒分为49科，11个亚科，164个属（包括：22个未定科的属），其中植物病毒分类不再采用组、亚组，而统一使用科、属、种分类阶元。 1996年 在耶路撒冷第10届国际病毒大会期间，ICTV对第六次报告作了修改和补充，确定了38条新的病毒分类和命名准则。,一、病毒的命名与分类系统进展概况,病毒的分类和命名大事记,1997年 ICTV在法国斯特拉斯堡召开常务会议，正式批准病毒分类系统有2个目，55个科，189个属（有23个属的分科未定）。1998年 ICTV在美国加州San Diego召开了第27次常务会议，会上又增设了1个目，6个科，26个属。同时批准了41条新的分类和命名规则。1999年 根据“Virus taxanomy-1999”、病毒分类系统达到了3个目，62个科。另外亚病毒感染因子（Subviral agent）下设卫星、类病毒和朊病毒，其中类病毒分类新设立了2个科，7个属。2000年 ICTV公布第七个国际病毒分类报告，植物病毒的分类有了非常大的进展，列出15个植物病毒科、73个植物病毒属，其中已归科的属有49个，未归到科的属有24个。,一、病毒的命名与分类系统进展概况,病毒的分类和命名大事记,分类报告发表在Archives of Virology上,1. 病毒命名规则,二、病毒分类和命名的规则,国际病毒分类系统采用目(order) 、科(family) 、属(genus) 、种(species) ； 但不是所有的病毒科都必须隶属一个目,在没有适当目的情况下,科可以是最高的病毒分类等级； 在科下面允许设立不同的亚科或不设立亚科,病毒分类和命名不遵守优先法则,所用的命名应该便于使用和记忆。,1. 病毒命名规则,二、病毒分类和命名的规则,在设立新分类等级时,不能使用人名命名,上标和下标字符、连字符、斜线； 希腊字母在新命名中不能使用,如果缩拼字对这一领域的病毒学研究工作者是有意义的,而且经过几个国际病毒研究小组建议,那么缩拼字命名是可以接受的。 现有的病毒分类名称只要是有用的就应保留,新的命名不能与已经承认的病毒名称重复。人工产生的病毒和实验室的杂种病毒在分类学上不予考虑。,病毒种的定义和命名,病毒“种”是指构成一个复制谱系( replicating lineage) 、占据一个特定小生境(ecological niche) 、具有多个分类特征的病毒。 这就是说病毒种的分类和命名不是单纯由某一个分类特征、而是由多原则分类特征决定的,包括病毒的基因组组成,病毒颗粒形态结构、生理生化特性和血清学性质等。 而病毒种的一个复制谱系则强调了病毒种的系统进化特性,即现今所有的病毒种可能起源于共同的病毒祖先;病毒种所占有的小生境是指某种病毒的特定生物学特性、地理分布、宿主范围、媒介的嗜亲性、致病机理等。,病毒种的命名由几个有实际意义的词组成,但不应该只是由宿主名加“virus”构成。,已知的细菌病毒种名就是由数字和字母组成的；植物病毒种的命名,一般是由宿主名加症状名和“virus”构成。 例如：“T4噬菌体属” (T4-like viruses),病毒种的定义和命名,病毒属是一群具有某些共同特征的种。其属名的词尾“virus”； 但在设立一个新的病毒属时必需有一个同时被承认的代表种(type species) 。,病毒属的命名,病毒科是一群具有某些共同特征的属。科名的词尾为“viridae”,“科”下面可以设立或不设立亚科。亚科名的词尾为“virinae”。,病毒科的命名,病毒目是一群具有某些共同特征的科,目名的词尾为“virales”。 一般而言,病毒颗粒的形态、基因组组成、复制方式、病毒结构蛋白和非结构蛋白的数量和大小,往往都可以作为病毒科、属命名的依据。 而病毒目的命名则与病毒基因组的核酸类型、基因组的单双链、逆转录过程和病毒基因组的极性有关。此外,病毒颗粒的形态结构和转录策略也可以用作病毒目命名的根据。,病毒目的命名,1998 年3 月ICTV 在第27 次常务会上,对病毒种名的书写规则又重新作了修订 病毒目、科、亚科、属的接受名（accepted name）一律用斜体打印，名称的第一个字母要大写。 种名用斜体打印，第一个词的首字母要大写，除了是专有名词（proper noun）外，其他词首字母一律大写。 在正式使用场合，分类阶元名称应放在分类阶元术语前。如，各分类单元正式的描述是Reovirideae(科)，Phytoreovirus(属), wound tumor virus（种）等,二、病毒分类和命名的规则,2.病毒名称的书写规则,类病毒种的词尾是“viroid”，属的词尾为“-viroid”，亚科的词尾是“-viroinae”（只用于需要这一分类阶元时），科的词尾是“-viroidae”。 逆转座子（retrotransposons）在分类和命名中被考虑作为病毒。 卫星和朊病毒不是按病毒分类，而是采用任意分类，并且这种任意分类对专门领域的研究工作者是有用的。,3. 亚病毒感染因子的规则,稳定性是指病毒名称及其隶属关系一旦确定下来，就应该尽可能的保留。 实用性是指病毒分类体制应该对病毒学研究领域是有用的。 认可性是指病毒分类阶元和名称应该为病毒学研究者乐意接受和使用，所以，认可性也是实用性的必然结果。 灵活性是指病毒分类阶元可以依据某些新发现而进行重新修订和再确定。,三、病毒分类原理及其依据,原理：强调其分类和命名的稳定性、实用性、认可性和灵活性。,病毒粒子特性： 病毒形态：如大小、形状、包膜和包膜突起的有无，衣壳结构及其对称性 病毒生理生化和物理性质：如分子量，沉降系数，浮力密度，病毒粒子在不同pH、温度、Mg2+、Mn2+、变性剂、辐射中的稳定性 病毒基因组：如基因组大小、核酸类型、单双链、线状或环状，正负链，G+C所占的比例、核苷酸序列等,依据：主要以病毒粒子特性、抗原性质和病毒生物学 特性等作为依据。,三、病毒分类原理及其依据, 病毒蛋白：如结构蛋白和非结构蛋白的数量，大小以及功能和活性，氨基酸序列等； 病毒脂类含量和特性； 碳水化合物含量和特性； 病毒基因组组成和复制。病毒抗原性质：包括病毒血清学性质与其抗原的关系。病毒生物学特性：包括病毒天然的宿主范围；病毒在自然状态下的传播与媒介体的关系；病毒的地理分布，致病机理，组织嗜亲性；病毒引起的病理和组织病理学特点。,这样病毒分类系统达到了3 个目、62 个科。 另外亚病毒感染因子(subviral agent) 下设卫星、类病毒和朊病毒,其中类病毒分类有2 个科、7 个属。,生物学分类DNA病毒,类型 分类特点 病毒科名DNA病毒 双链DNA、有包膜 痘病毒科 疱疹病毒科 双链DNA、无包膜 腺病毒科 乳多空病毒科 单链DNA、无包膜 细小病毒科,类型 分类特点 病毒科名RNA病毒 双链RNA、分节、无包膜 呼肠病毒科 双RNA病毒科 负单链RNA、不分节、有包膜 副粘病毒科 弹状病毒科 负单链RNA、分节、有包膜 正粘病毒科 布尼亚病毒科 沙粒病毒科 正单链RNA、不分节、无包膜 小RNA病毒科 杯状病毒科 星状病毒科 正单链RNA、不分节、有包膜 冠状病毒科 黄病毒科 披膜病毒科,