蛋白质三维结构预测蛋白质三维结构预测5 5生物信息学生物信息学蛋白质结构蛋白质结构 - 四级结构四级结构如何获得蛋白质四级结构如何获得蛋白质四级结构3. 分子对接（分子对接（docking）：蛋白质）：蛋白质-蛋白质蛋白质 分子对接分子对接ZDOCK: http:/zdock.umassmed.edu/GRAMM-X: http:/vakser.bioinformatics.ku.edu/resources/gramm/grammx输出值可用VMD查看。保存某输出结果中的一个状态：在VMD main中选中当前的文件，右键Delete Frames，删去不要的那些状态，再右键Save Coordinates，保存刚才没删的状态。蛋白质相互作用常用对接软件蛋白质相互作用常用对接软件蛋白质相互作用分析软件蛋白质相互作用分析软件PDBe PISA: http:/www.ebi.ac.uk/msd-srv/prot_int/pistart.html注意，输入的复合体应为一个PDB文件，其中不同的单体表示为不同的CHAIN。蛋白质结构蛋白质结构 - 四级结构四级结构如何获得蛋白质四级结构如何获得蛋白质四级结构3. 分子对接（分子对接（docking）：蛋白质）：蛋白质-蛋白质蛋白质 分子对接分子对接Rigid Docking 刚性对接 小分子理论上可以柔性的地方总是柔性的，蛋白质上结合小分子的部位被认为是刚性的。Flexible Docking 柔性对接 小分子理论上可以柔性的地方总是柔性的，蛋白质上结合小分子的部位的氨基酸侧链被认为是柔性的。蛋白质结构蛋白质结构 - 四级结构四级结构如何获得蛋白质四级结构如何获得蛋白质四级结构4. 分子对接（分子对接（docking）：小分子化合物）：小分子化合物-蛋白质分子对接蛋白质分子对接AutoDock http:/autodock.scripps.edu 蛋白质结构蛋白质结构 - 四级结构四级结构如何获得蛋白质四级结构如何获得蛋白质四级结构4. 分子对接（分子对接（docking）：小分子化合物）：小分子化合物-蛋白质蛋白质 分子对接分子对接蛋白质结构蛋白质结构 - 四级结构四级结构4. 分子对接（分子对接（docking）：小分子化合物）：小分子化合物-蛋白质蛋白质 分子对接分子对接AutoDock下载与安装下载与安装 蛋白质结构蛋白质结构 - 四级结构四级结构4. 分子对接（分子对接（docking）：小分子化合物）：小分子化合物-蛋白质蛋白质 分子对接分子对接1. Autodocksuiteexe(windows版)双击安装无非是解压缩出来两个可执行文件: autodock4.exe和autogrid4.exe把它们俩个放在哪里都可以，但要记住放在哪里了。2. Mgltoolsexe(windows版)双击安装像安装一个普通的程序一样。