分子进化分子进化 2 2生物信息学生物信息学用用PhyML建建ML树树多序列比对（ClusteralW, T-Coffee, MUSCLE）。参数选择（ProtTest），在用ML算法时需要。把序列比对和ProtTest 给出的参数输入PhyML，计算时间有时较长。进化树查看软件（Treeview）。 多序列比对多序列比对seq.fasta这里选Phylip, interleaved或sequential都可以Submit之后返回的结果保存在pg.phylip文件里http:/www.ebi.ac.uk/Tools/msa/muscle/Gaps cause trouble for most phylogeny reconstruction methods. 可以考虑删除的列多序列比对的预处理多序列比对的预处理ML建树参数选择建树参数选择参数选择（ProtTest），在用ML算法时需要自己搜“ProtTest download”下载下来解压缩，绿色软件无需安装，双击ProtTest.jar跳出小窗口“select file”输入 .phylip格式的序列比对“Optimization strategy”选 “slow ” (课上演示因时间原因选“fast”)点Start跑完之后点”Overall comparison”注意：1、电脑要设置成显示文件后缀名（延展名）2、电脑要安装JAVA运行环境用用PhyML创建创建ML树树PhyML: http:/www.atgc-montpellier.fr/phyml/Substitution Model这一组的几项必要参数都可以从ProtTest的结果中拿到：首先从ProtTest结果里找到best model:什么+什么+什么+再填写PhyML里的参数：Substitution model: 什么+什么+什么+，里的第一个“什么”Equilibrium frequencies: F (amino acid frequencies ) “observed”对应的就是“empirical” Proportion of invariable sites: I (proportion of invariable sites)Number of substitution rate categories: G (n rate categories)Gamma shape parameter: G (“=”后面的数值)best model里没有的点“estimated”。Perform bootstrap: 1001000其他参数都比较简单，根据实际情况填，不明白的就别动。等几个小时甚至1整天后，结果发到邮箱里(pg_phys_phyml_result)。用用PhyML创建创建ML树树用用PhyML创建创建ML树树进化树显示软件Treeview本地安装，下载地址：https:/treeview-安装完成后，打开PhyML返回结果中的tree.txt文件。用用MEGA建建ML树树