关系数据库原理实验1：MySQL的安装和配置MySQL是一种开源的数据库管理系统，其在中小企业级得到广泛使用。然比起Oracle/PostgreSQL等在功能和应用级别上还颇有不如， 但不可否认的是，其功能也变得越来越强大。作为基础课程，我们选用Linux下的MySQL以及 其他一些WEB服务器系统如Apache探讨和实践应用数据库系统的开发，尤其是其在生物信息学数据库方面的应用开发。一、实验目的1. 掌握如何在Linux系统下安装和配置MySQL。2. 初步掌握应用mysql客户端程序访问数据库系统的方法和简单命令。3. 对MySQL数据库的基本结构有所了解和掌握。4. 安装WEB管理系统Apache和WEB开发语言解释器PHP。5. 安装和了解mysql基于WEB的管理工具phpMyAdmin。二、上机实验步骤1. 安装环境【硬件环境】 【操作系统】Redhat Fedora Linux 8.0【安装软件】o MySQL 5.0.41 source packageo Apache source packageo PHP5.2.8 source packageo phpMyAdmin source package2. 安装和配置MySQL(1) 下载源程序安装包(2) 添加mysql组：shell groupadd mysql(3) 添加mysql用户：shell useradd -g mysql mysql(4) 解压、并编译安装MySQL到目标路径shell tar xzvf mysql-VERSION.tar.gzshell cd mysql-VERSIONshell ./configure -prefix=/opt/mysql -without-debug -localstatedir=/opt/mysql/varshell makeshell make installshell cd /opt/mysql (5) 改变目录的owner和group shell cd /opt/mysqlshell chown -R mysql .shell chgrp -R mysql .(6) 初始化数据库，注意看看初始化完成后数据库文件目录有什么样的变化？ shell bin/mysql_install_db -user=mysql -basedir=/opt/mysql -datadir=/opt/mysql/varshell chown -R root .shell chown -R mysql var(7) 启动mysql服务端后台 shell bin/mysqld_safe -user=mysql &(8) 安装mysql开机自动启动脚本并拷贝配置脚本到/etc/my.cnf shell cp share/mysql/mysql.server /etc/init.d/mysqldshell cp share/mysql/my-medium.cnf /etc/my.cnfshell chmod +x /etc/init.d/mysqldshell service mysqld restart# 执行下面两行命令的目的是创立连接，为以后的c/c+开发和其他需要使用mysql库的软件安装提供便利。shell ln -s /opt/mysql/lib /usr/lib/mysqlshell ln -s /opt/mysql/include /usr/include/mysql3. 安装和配置Apache/PHP一般来说，我们的系统Fedora8.0已经预先安装了Apache和PHP，我们所要做的工作就是要修改Apache和PHP的配置。如果没有安装，你可以用命令 yum install httpd|php进行网络安装。(1) 修改Apache配置文件/etc/httpd/conf/httpd.conf(标有#的为修改前，下面一行为修改后或者是加入的行) AddType application/x-httpd-php .php .phtml .php3 .incAddType application/x-httpd-php-source .phps (2) 修改/etc/php.ini配置：将register_globals=Off改为register_globals=On即可。(3) 启动Apache：shell service httpd start并打开浏览器访问http:/localhost看看如何。(4) 加入页面/var/www/html/phpinfo.php，看看能否显示： 4. 安装和配置phpMyAdminphpMyAdmin的安装和配置非常简单，只要把phpMyAdmin解压安装到服务器目录并对其目录下的config.inc.php进行编辑后运行setup/即可。 5. mysql客户端应用初步(1) 用mysqladmin为mysql管理员root添加密码 bin/mysqladmin -u root -p password YOUR_PASSWORD (2) mysql客户端登录：shell mysql -h localhost -u root -p(3) 查看初始化后有哪些数据库：mysql show databases;(4) 查看mysql库中有哪些表 mysql use mysql;mysql show tables; (5) 查看这些表的结构（例如user表）：mysql describe user;(6) mysql数据库中的表分别有什么样的意义？(7) 学会使用help来帮助你了解某些命令和变量类型等的含义： mysql help;mysql help Contents;mysql help bigint;(8) 初步使用SQL进行简单检索： mysql select * from user;mysql select User, Host, Password from user;三、结论窗体顶端窗体底端四、注意事项实验2：mysql的简单查询 窗体顶端窗体底端实验1我们已经在linux下安装了mysql的数据库管理系统，在课上我们也已经简单介绍了SQL语言的语法，本次上机实验 将由大家来建立数据库和表，并对数据库进行一些简单的查询工作。一、实验目的1. 掌握如何建立数据库Schema。2. 初步掌握创建数据表Table的方法。3. 对MySQL数据库的基本结构有进一步的了解和掌握。4. 掌握如何将数据库中的内容导入和导出的方法。5. 掌握一些简单的SQL查询语句。二、上机实验步骤1. 实验环境【硬件环境】 【操作系统】Redhat Fedora Linux 8.0【软件环境】MySQL 5.0.412. 修改/.bashrc添加/opt/mysql/bin到环境变量PATH，启动mysql服务并进入mysql环境：(1) 确认你的mysql服务已经启动：shell service mysqld restart(2) 进入mysql环境：shell mysql -u root -p并输入密码进入（请记住现在是没有密码的）出现mysql提示符。(3) 为root用户添加密码： mysql use mysql;mysql update user set Password=password(YOUR_PASSWORD) where User=root;mysql flush privileges;mysql quitshell mysql -u root -p3. 创建数据库DOINT（DOmain INTeraction）以及表interaction、GO、pfam和pgmap。数据库说明 数据库DOINT中，表interaction列出了由PDB-entry（3did）和用其他8种通过PFAM进行计算机预测得到的Domain-Domain相互作用。另外PredictionConfidence 表示预测的可信度（HC=high confidence; MC=medium confidence; LC=low confidence; NA=not available），sameGO则反映两种Domain是否 有相同的GO-entry。表pfam列出了所有Domain对应的PFAM id，及其描述和在INTREPRO数据库中对应的id。表GO则列出了GO-entry及其对应的功能分类和具体功能描述。表pgmap则将Domain与GO一一对应。o 创建数据库的方法主要有两种：(1) 利用mysqladmin建立数据库 shell mysqladmin -u root -p create DB_NAME (2) 从mysql环境建立数据库 mysql create database DB_NAME; o 创建上述四个表如文件create.sql，并导入数据（GO.txt, pfam.txt, interaction.txt, pgmap.txt）： oo mysql set FOREIGN_KEY_CHECKS = 0;o mysql load data infile pfam.txt into table pfam fields terminated by |;o mysql load data infile GO.txt into table GO fields terminated by |;o mysql load data infile pgmap.txt into table pgmap fields terminated by |;o mysql load data infile interaction.txt into table interaction fields terminated by |;o mysql set FOREIGN_KEY_CHECKS = 1; o 检查看看你的数据库和相应的表是否已经存在。4. 执行SQL查询单表查询. PF00010对应的GO-entry有哪些？其分别对应的生物学功能描述和功能分类是什么？用多步的方法进行查询。 如果可以的话，你也可以尝试用多表联合查询的方法一步得到结果。A. 在GO表中查找与有丝分裂(mitotic)有关的GO-entry，和与胰岛素(insulin)功能和代谢有关的GO-entry。 哪些Domain具有跨膜（transmembrane）结构？B. GO表中，功能分类为BP（biological_process）的GO-entry有哪些？数目有多少？功能分类为 MF（molecular_function）、CC（cellular_component）的呢？C. interaction表中，是否存在重复的记录？请写出SQL语句并用结果证明。如果有，请把它找出来并删除重复的记录。D. SQL语句select * from interaction where Domain1=PF0008;能否列出所有