蛋白质的空间结构和功能1构象(conformation)指的是，一个由多个碳原子组成的分子，因单键的旋转而形成的不同碳原子上各取代基或原子的空间排列，只需单键的旋转即可造成新的构象。多肽链主链在形式上都是单键。因此，可以设想一条多肽主链可能有无限多种构象。然而，一种蛋白质的多肽链在生物体正常的温度和pH下只有一种或很少几种构象，并为生物功能所必需。这种天然的构象是什么样的因素促成的? 答：由于肽键因共振结构而使CN键具有部分双键的性质，不能自由旋转，因而使得一条多肽主链构象的数目受到了极大限制。与位于相邻刚性平面交线上的C相连接的侧链基团的结构、大小和性质对于主链构象的形成及稳定有很大的影响，使多肽链主链构象数目又受到很大的限制。因为C与两个刚性平面连接的单键的旋转度不同程度受到侧链的限制。各种侧链基团相互作用所形成的各种力使蛋白质在热力学上达到了一种最稳定的构象2假若一条多肽链完全由丙氨酸构成，什么样的环境促使它很可能形成螺旋，是疏水环境还是亲水环境? 答；一条多肽链呈-螺旋构象的推动力是所有肽键上的酰胺氢和羰基氧之间形成的链内氢键。在水环境中，肽键上的酰胺氢和羰基氧既能形成内部(-螺旋内)的氢键，也能与水分子形成氢键。如果后者发生，多肽链呈现类似变性蛋白质那样的伸展构象。疏水环境对于氢键的形成不能提供任何竞争，因此，更可能促进-螺旋结构的形成。3以nm为单位计算-角蛋白卷曲螺旋（coiled coil）的长度。假定肽链是由100个残基构成。 答：-角蛋白的每条肽链呈-螺旋构象，而每个-螺旋含3.6个残基。在-角蛋白中，每轮螺旋的长度为0.51nm。因此, -角蛋白卷曲螺旋（coiled coil）的长度是：（100残基3.6个残基/轮）0.51/轮14.2nm4一种叫做Schistosoma mansoni 寄生虫的幼虫能感染侵入人的皮肤。这种幼虫分泌出能裂解的-Gly-Pro-X-Y-（X和Y可能是几种氨基酸中的任何一种）顺序中的X和Y之间肽键的酶。为什么该酶活性对这种寄生虫侵入是重要的。 答：-Gly-Pro-X-Y-顺序频繁出现在胶原蛋白分子中，在身体的各部位都存在，包括皮肤。由于该幼虫酶能催化胶原蛋白多肽链裂解，故该寄生虫能进入宿主皮肤而生存。5是Trp还是Gln更有可能出现在蛋白质分子表面？是Ser还是Val更有可能出现在蛋白质分子的内部？是Leu还是Ile更少可能出现在-螺旋的中间？是Cys还是Ser更有可能出现在-折叠中？ 答：蛋白质氨基酸残基在蛋白质结构中出现的位置与这些氨基酸残基的亲水性或疏水性相关。亲水性残基（极性残基）通常位于蛋白质分子的表面，而疏水性残基（非极性残基）通常位于蛋白质分子疏水的内部。Gln是亲水性残基，它比Trp更有可能出现在蛋白质分子表面。Val是非极性残基，它比Ser更有可能位于蛋白质分子的内部。Ile在它的碳位上有分支，不利于-螺旋的形成，因此它通常不出现在-螺旋中。侧链小的氨基酸残基常出现在-折叠中，因为这有利于片层的形成。所以Ser更有可能出现在-折叠中。6下面的多肽哪种最有可能形成-螺旋？哪种多肽最难以形成-折叠？ CRAGNRKIVLETY；SEDNFGAPKSILW；QKASVEMAVRNSG 答：多肽最有可能形成-螺旋，因为它的三个带电荷的残基(Lys,Glu,Arg)在该螺旋的一侧相间排成一行。一个有邻近碱性残基(Arg和Lys)的多肽会使螺旋去稳定。多肽含有Gly和Pro，这两种氨基酸是螺旋的强破坏者。Gly和Pro的存在也会阻止-折叠的形成。所以多肽最难以形成-折叠。7胰岛素是由A、B两条链组成的，两条肽通过二硫键连接。在变性条件下使二硫键还原，胰岛索的活性完全丧失。当巯基被重新氧化后，胰岛素恢复的活性不到天然活性的10%请予以解释。 答：胰岛素是以前体的形式合成的。前体分于是一条单一的肽链。在前体合成及折叠后，切除前体分子的一部分(包括连接肽C肽)，留下由二硫键连接的A和B两条肽链。这样，天然的胰岛素由于缺少C肽，因而也就缺乏指导肽链折叠的某些所必需的信息。所以当胰岛素变性和还原，随之复性，二硫键的形成是随机的。在这种情况下是不能完全恢复到天然活性的。这并不与氨基酸顺序指导蛋白质折叠的基本原则相矛盾。 8对于密度均一的球状蛋白质来说，随着蛋白质分子增大，其表面积体积(AV)的比例是增大还是减小？随着蛋白质分子增大，其亲水侧链氨基酸残基与疏水侧链氨基酸残基的比例是增大还是减小? 答：对于密度均一的球状蛋白质来说，随着分子量(即分子大小)增大，其半径(r)也增大。由于表面积4r2，体积=4/3r3，因此 从这个表达式来看，随着蛋白质分子量的增大，它的表面积体积的比例减小了。即随着蛋白质分子的增大，体积的增大比表面积增大更快。 由于极性基团的亲水性，大多数分布在球状分子的表面，非极性侧链基团的疏水性，大多数聚集在球状分子的内部由于随着分子量增大而体积增大，内部空间也增大。因此内部就可以容纳更多的具疏水侧链基团的氨基酸残基。所以随着球状蛋白质分子量的增大，亲水侧链氮基酸残基与疏水侧链氨基酸残基的比例将减小。9胎儿血红蛋白（Hb F）在相当于成年人血红蛋白（Hb A）链143残基位置含有Ser，而成年人链的这个位置是具阳离子的His残基。残基143面向亚基之间的中央空隙。为什么2,3-二磷酸甘油酸（2,3-BPG）同脱氧Hb A的结合比同脱氧Hb F更紧？Hb F对2,3-BPG的低亲和力如何影响到Hb F对氧的亲和力？Hb F的P50是18托(torr)，Hb A的P50是26托。基于这两个数值如何解释氧从母亲血液有效转运到胎儿。 答：由于2,3-BPG是同脱氧Hb A中心空隙带正电荷的侧链结合，而脱氧Hb F缺少带正电荷的侧链（链143位的His残基），因此2,3-BPG是同脱氧Hb A的结合比同脱氧Hb F的结合更紧。2,3-BPG稳定血红蛋白的脱氧形式，增高脱氧血红蛋白的份数。由于Hb F同2,3-BPG亲和力比Hb A低，Hb F受血液中2,3-BPG影响小，分子的氧合形式的份数较大，因此Hb F在任何氧分压下对氧的亲和力都比Hb A大。在2040氧分压下，Hb F对氧的亲和力比Hb A大，亲和力的这种差别允许氧从母亲血向胎儿有效转移。10在生理条件下，多聚赖氨酸呈随机卷曲的构象。在什么条件下它可以形成-螺旋？ 答：在生理条件下，赖氨酸残基的带增电荷的侧链彼此排斥，不能形成-螺旋。当它所处环境的pH上升超过它的侧链可界离基团的pK（10.5）时才能形成-螺旋。 11某蛋白质用凝胶过滤法测定的表观分子量是90kD；用SDS-PAGE测定时，它的表观分子量是60kD，无论2-巯基乙醇是否存在。哪种测定方法更准确？为什么？ 答：蛋白质的分子形状影响它在凝胶过滤时的行为。分子形状较长的蛋白质在凝胶过滤时具有类似于分子较大的蛋白的行为。用SDS-PAGE测定的蛋白质分子量应该是比较准确的，因为变形后的蛋白质的迁移速度只取决于它的分子大小。12请根据下面的信息确定蛋白质的亚基组成： 用凝胶过滤测定，分子量是200kD；用SDS-PAGE测定，分子量是100kD；在2-巯基乙醇存在下用SDS-PAGE测定，分子量是40kD和60kD。 答：凝胶过滤分离的蛋白质是处在未变性的状态，如果被测定的蛋白质的分子形状是相同的或者是相似的，所测定的分子量应该是较准确的。SDS-PAGE测定蛋白质的分子量只是根据它们的大小。但这种方法能破坏寡聚蛋白质亚基间的非共价作用力，使亚基解离。在这种情况下，所测定的是亚基的分子量。如果有2-巯基乙醇存在，则能破坏肽链内或肽链间的二硫键。在这种情况下进行SDS-PAGE，所测定的分子量是亚基的分子量（如果亚基间没有二硫键）或者是肽链的分子量（如果亚基是由二硫键连接的几个肽链组成）。根据题中给出的信息，该蛋白质的分子量是200kD，由两个大小相同的亚基（100kD）组成，每个亚基由两条肽链（40kD和60kD）借二硫键连接而成。 13每分子人细胞色素c含有18分子的赖氨酸。100克细胞色素c完全水解得到187克的赖氨酸。求细胞色c的分子量。答: 根据组分的百分含量求蛋白质的最低分子量可按下式计算： 细胞色素c的真实分子量=最小分子量某氨基酸数=6841812300. 这一结果与用物理方法测定的结果很接近。 3-14有一种混合液含有五种多肽(P1、P2、P3、P4和P5)，在pH8.5的条件下进行电泳分离，染色后揭示出如图26a的迁移图谱。已知这五种多肽的 pI是：P1为9.0，P2为5.5，P3为10.2，P4为8.2， P5为7.2。并且已知它们的分子量都接近1200。请在图上鉴定出每条带相应的多肽；现有一种pI为10.2的多肽(P6)，它的分子量大约为600。该肽若与上述五肽一起在pH8.5下电泳，请你指出它的位置。 图26 几种蛋白质的电泳迁移图（a）和它们迁移的相对位置（b）答：根据它们的等电点以及它们在pH8.5条件下所带净电荷的多少，很容易鉴定出它们在电泳图谱上的位置(图2-6b)。 P6与P3具有相同的pI，即是说，在pH85的条件下，它们带有等量的净电荷。但P6的分子量仅是P3的一半，它的迁移率是P3的2倍，电泳后它在支持物上位置应比P3更接近于负极(如图2-6b所示)。 (在一定粘度的介质中，在恒压下，带电颗粒的迁移率由电荷与颗粒大小的比例决定，即：（迁移率）（Q（电荷）/r（大小）。为了在Qr基础上估计出相对迁移率，可用物质的分子量去除pIpH，pIpH视为Q值的一种量度。) 15一种纯净的蛋白质样品用普通的聚丙烯酰胺凝胶电泳(PAGE)在pH8.2条件下进行分析鉴定，得到如图27(A)的结果。该蛋白质样品在用SDS处理后，接着用SDS-PAGE进行分析，得到如图27(B)的结果。通过对上述两种电泳结果的比较，关于该蛋白质的结构你将得出什么样的结论？该蛋白质的等电点是低于pH8.2还是高于pH8.2？ 答：普通聚丙烯酰胺凝胶电泳分离蛋白质时主要是根据各组分的pI的差别。图2-7(A)的结果只呈现单一的带，表明该蛋白质是纯净的。由于SDS是一种带负电荷的阴离子去垢剂，并且具有长长的疏水性碳氢链。它的这种性质不仅使寡聚蛋白质的亚基拆离，而且还能拆开肽链的折叠结构，并且沿伸展的肽链吸附在上面。这样，吸附在肽链上的带负电荷的SDS分子使肽链带净负电荷，并且吸附的SDS的量与肽链的大小成正比。结果是，不同大小的肽链将含有相同或几乎相同的Qr值。由于聚丙烯酰胺凝胶基质具有筛分效应，所以，分子较小的肽链将比较大的、但具有相同的Qr值的肽链迁移得更快。若蛋白质是由单一肽链或共价交联的几条肽链构成，那么在用SDS处理后进行SDS-PAGE，其结果仍是单一的一条带。若蛋白质是由几条肽链非共价结合在一起，在用SDS处理后进行SDS-PAGE，则可能出现两种情况：一种仍是一条带，但其位置发生了变化(迁移得更快)，表明该蛋白质是由几条相同的肽链构成，另一种可能出现几条带，则可以认为该蛋白质是由大小不同的几条肽链构成 图27蛋白质的鉴定 图2-7(B)的结果表明该蛋白质是由两种大小不同的肽链借非共价键结合在一起的寡聚体蛋白质。从图27的电泳结果我们可以断定该蛋白质的等电点低于pH8.2。16一个蛋白质混合物含有下面几种不同的组分： a Mr12，000 pI=10； b Mr=62，000 pI=4 c Mr28，000