生物大分子数据库扫描根据“Nucleic Acids Research”最新（指2007年）公布的数据，目前已有968个有关生物大分子数据库（参见文献 Galperin M Y, The Molecular Biology Database Collection, 2007, 35: D3）。有兴趣的读者可以参阅网站“http:/www.oxfordjournals.org/nar/database/a”。我们这里将主要类型的数据库列于表4-2。数据库类别代表数据库名及应用核苷酸序列数据库国际苷酸序列数据库集DDBJ：所有已知的核苷酸序列与蛋白质序列EMBL：所有已知的核苷酸序列与蛋白质序列GenBank：所有已知的核苷酸序列与蛋白质序列DNA序列：基因，保守序列模式及调控位点有关代码DNA序列ACLAME：基因移动因子分类数据库CUTG：Genbank数据库中的代码应用分类数据库HERVd：人类内源性逆转录病毒数据库NPRD:核小体定位区间数据库TIGR Gene Indices：基因序列与组织专一化数据库VectorDB：核酸向特征及分类数据库基因结构，内含子，外显子ASD：选择性剪切数据库EASED：扩展选择性剪切EST数据库HS3D：现代人剪切位点数据库Splice DB：典型与非典型的哺乳动物剪切位点数据库转录调节位点与转录因子ACTIVITY：功能DNA/RNA位点数据库DBTBS：枯草杆菌起动与转录因子数据库EPD：真核起动子数据库JASPAR：转录因子DNA结合位点位置专一化得分矩阵TESS：转录子搜索系统TRED：转录调控元素数据库TRANSFAC：转录因子和连接位点数据库RNA序列数据库16S与23S rRNA Mutation Database：16S与23S核糖体RNA突变数据库ARED：mRNA中AU丰富数据库NCIR：RNA结构中非典型相互作用数据库tmRDB：tmRNA数据库Rfam：非代码RNA家族数据库蛋白质序列数据库综合数据库EXProt：被实验证实功能的蛋白质序列数据库PA-GOSUB：根据模型器官，GO数据库确认及亚细胞定位的蛋白质序列数据库Swiss-Prot：蛋白质序列数据库TrEMBL：应用计算机注释与翻译EMBL数据库UniProt：所有蛋白质序列累积数据库蛋白质性质数据库AAindex：氨基酸理化性质数据库ProNIT：蛋白质与核酸相互作用热动力学数据库ProTherm：天然型与突变型蛋白质热动力学数据库TECRdb：酶催化反应热动力学数据库蛋白质定位与靶向数据库（Protein localization and targeting）DDSubLoc：蛋白质在亚细胞单元定位数据库NESbase：核输出信号数据库NLSdb：核定位信号数据库NMPdb：核基质联合蛋白质数据库NOPdb：核仁蛋白质组数据库PSORTdb：细菌中蛋白质在亚细胞单元中定位数据库SPD：分泌蛋白质数据库THGS：基因组序列中跨膜螺旋蛋白质数据库TMPDB：由实验确定的跨膜蛋白拓扑数据库蛋白质保守序列模式及活性位点数据库ASC：活性序列集合：生物活性肽数据库BLOCKS：蛋白质家族中保守区间比对数据库CSA：催化位点图谱，已知三维结构的酶的活性位点及催化位点数据库COMe：生物有机蛋白分类数据库CopS：综合肽信号数据库eBLOCKS：高度保守蛋白质序列块eMOTIF：蛋白质保守序列模式的确定与搜索Metalloprotein Site Database：金属蛋白中金属连接位点数据库O-GlyBase：蛋白质中用O和C连接的糖基化位点数据库PDBsite：蛋白质三维结构功能位点数据库PROSITE：生物学显著的蛋白质模式与突变谱数据库蛋白质功能区域；蛋白质分类数据库ADDA：蛋白质功能区域分类数据库CDD：保守功能区域数据库：主要来自于Pfam，SMART，COG和KOG数据库CluSTr：Swiss-Prot+TrEMBL蛋白聚类数据库FunShift：在同一个蛋白质功能的家族的子家族之间功能异化数据库PRINTS：启发式基因家族指纹谱数据库Pfam：蛋白质家族数据库：根据多重序列比对和突变谱HMM构建ProtoMap：将Swiss-Prot依不同层次分类的数据库S4：SCOP超级家族中基于结构的序列比对数据库单个蛋白质家族数据库AARSDB：酰氨转移-tRNA合成酶数据库ASPD：人工选择的蛋白质/肽数据库Bac Tregulators：AraC和TetR家族转录调节子数据库CSDBase：冷休克蛋白功能区阈数据库GPCRDB：G蛋白偶联受体数据库Histone Database：组蛋白折叠序列与结构数据库ProLysED：细菌蛋白酶数据库TrSDB：转录因子数据库结构数据库小分子数据库ChEBI：对生物有反应的化学条目AANT：氨基酸与核苷相互作用数据库碳水化合物数据库CCSD：复合碳水化合物结构数据库GlycoSuiteDB：N-和O-多糖结构与生物资源数据库核酸结构数据库NDB：核酸包含结构数据库NTDB：核酸热动力学数据库RNABase：由PDB和NDB中包括RNA的结构数据库SCOR：RNA结构分类数据库，有关RNA结构，保守序列模式，功能及三级结构相互作用有关蛋白质结构方面的数据库ArchDB：蛋白质环结构自动分类数据库ASTRAL：已知结构的功能区，被选出的子集和序列结构相关的序列数据库BAliBASE：多重序列比对比较的数据库BioMagReBank：蛋白质与核酸的NMR光谱数据库CADB：蛋白质数据库的构象角数据库CATH：蛋白质功能区域自动分类数据库CE：蛋白质三级结构比对数据库CKAAPsDB：序列不相似但结构相似的蛋白质数据库Dali：应用Dali搜索引擎得到的蛋白质折叠分类数据库Decoys R Us：由计算机产生构象的数据库DsiProt：蛋白质无序结构数据库DomIns：已知蛋白质结构功能区阈插入数据库eF-site：功能位点静电表面数据库：蛋白质活性位点的静电势与疏水性GenDis：蛋白质结构超级家族基因组分布数据库GTOP：根据基因组序列预测蛋白质折叠数据库HOMSTRAD：同源结构比对数据库MolMovDB：生物大分子运动数据库，主要描述蛋白质及生物大分子运动LPFC：蛋白质核结构家族库PDB：蛋白质结构数据库，搜集了所有蛋白质及核酸结构的数据库PDBsum：对PDB结构总结分析数据库PDB_TM：已知三级结构的跨膜蛋白数据库ProteinFolding Database：蛋白质折叠实验数据库SCOP：由专家参预的蛋白质结构分类数据库Sloop：蛋白质环分类数据库Structure Superposition Database：TIM桶状结构的配对叠合数据库基因组数据库基因注释项，规范描述及相关术语有关常用命名方面的数据库Genew：人类基因命名GO：基因功能的规范描术数据库GOA：有关EBI的基因功能的规范描述数据库IUBMB Nomenclature数据库：有关酶，跨膜转移，电子转移蛋白及其它蛋白命名。IUPAC Nomenclature数据库：由IUBMB与IUPAC联合委员会通过的生化与有机小分子的命名IUPHAR-RD：国际药学联合会推荐的有关受体命名和药物分类数据库分类与鉴定数据库细菌鉴定与分类的gyrB数据库综合基因数据库COG：蛋白质直系同源组聚类数据库COGENT：完全基因组跟踪数据库，根据完全基因序列预测肽DEG：细菌与酵母必须基因数据库FusionDB：细菌与古菌基因剪切（融合）事件数据库Genome Atlas：序列基因组的DNA结构性质数据库GOLD：基因组在线数据库Integr8：全基因组蛋白质功能分类数据库KEGG：基因与基因组京都百科全书，有关基因，蛋白质及代谢路径整合组数据库TransportDB：根据TC分类系统预测全基因组中的跨膜转运数据库WIT3：有关微生物全序列基因组代谢重建数据库生物种类专一化数据库细菌类HCVDB：肝炎C型病毒数据库HIV Drug Resistance数据库：具有抗药性能的HIV突变数据库HIV Molecular Immunology数据库：HIV抗原决定基数据库HIV RT and Protease Sequence数据库：HIV逆转录酶及蛋白质酶序列数据库VIDA：同源病毒蛋白家族数据库VirOligo：有关PCR及其杂化的病毒专一化寡聚核苷酸数据库原核生物类总述BacMap：注释细菌基因组图谱数据库MetaGrowh：细菌病原体生长要求数据库PGTdb：原核生物生长温度数据库大肠杆菌类（Escherichia coli）ASAP：对大肠杆菌及其相关基因组系统注释包裹CyberCell数据库：有关E.coli K12的应用数学模型模拟的数据库集合coliBase：有大肠杆菌，沙门氏菌属及志贺氏杆菌的数据库PEC：有关大肠杆菌染色体图谱RegulonDB：大肠杆菌中转录调节及操纵组织数据库枯草杆菌类BSORF：京都大学枯草杆菌基因组数据库NUSub：里昂大学非冗枯草杆菌数据库SubtiList：巴斯德研究院枯草杆菌基因组数据库其它细菌类BioCyc：多种细菌路径及基因组数据库CampyDB：弯曲杆菌属基因组分析数据库ClostriDB：梭菌属完成的与未完成的基因组数据库Virulence Factors：有关微生物毒性因子数据库单细胞真核生物ApiEST-DB：从各种各样Apicomplexan寄生虫获得的EST序列CryptoDB：有关Cryptosporidium parvum基因组数据库ToxoDB：鼠弓形体基因组数据库真菌类酵母菌类AGD：Ashbya棉花基因组数据库CandidaDB：加拿乳头状体基因组数据库CYGD：MIPS综合酵母基因组数据库SCPD：酿酒酵母起动子数据库其它真菌类CADRE：中心化曲霉菌数据集MNCDB：MIPS粗糙链孢霉数据库无脊椎动物克氏病Intronerator：C.elegans和C. briggsae内含子和剪切数据库RNAiDB:克氏病基因表型的RNAi表型分析WILMA：克氏病注释数据库WorfDB：克氏病ORF组数据库黄猩猩果蝇(Drosophila melanogaster)FlyBase：果蝇序列与基因组信息FlyBrain：果蝇神经系统数据库DPDB：果蝇多聚态数据库其它无脊椎动物AppaDB：线虫Pristionchus pacificus数据库BeetleBase：甲虫Tribolium castaneum基因组数据库CnidBase：刺胞动物进化