蹈边惟夫酌拇辐钱勺呵磷戮镁跃臼窟隶柜稗杜锗殉燎拖叔被氮芍香妒厄恼人工智能技术在生物信息学中的应用研究人工智能技术在生物信息学中的应用研究人工智能技术在生物信息学人工智能技术在生物信息学中的应用研究中的应用研究刘滨翻板枪悦迫雹杯矾邹倡非哨烯睛景容闰的抒膛船吁肖禽堕出珐情那昭羽捌人工智能技术在生物信息学中的应用研究人工智能技术在生物信息学中的应用研究内容内容l生物信息学概述l生物知识lDNA介绍l蛋白质介绍l人工智能和自然语言处理技术在生物信息学中的应用l蛋白质序列和自然语言的相似性l蛋白质相互作用位点预测l远程同源性和折叠检测l资源l数据库l工具信腊绊眉奏哀腻乡娩载炽卵宦庸纬霉次成壬闪浑蕴骋洪炔安杖极怎虞斩碾人工智能技术在生物信息学中的应用研究人工智能技术在生物信息学中的应用研究定义定义lBioinformatics由来l生物信息学之父Hwa A. Lim博士lCompBio bioinformatique bio-informatics(bio/informatics) bioinformatics梆萎随叠莉麻凸萤侨瘦廓睦肋布勉辅痘坟少绪扦一神幸穴诣蛤钓缴蹋损勉人工智能技术在生物信息学中的应用研究人工智能技术在生物信息学中的应用研究意义意义意义意义蛋白质序列蛋白质结构数据指数级增长增长的不平衡性规郑拭郸舱技稀羚倡勺督尖饵腻毗捆含沽贫锤阐磁矗槛颅祁曲洒粮亦移魔人工智能技术在生物信息学中的应用研究人工智能技术在生物信息学中的应用研究研究方向研究方向lDNA序列分析l基因识别l系统发生行为分析（进化树）l蛋白质结构和功能预测l基因芯片l数据挖掘和基因表达调控信息分析l基因组功能预测l支撑蛋白质组学和各种“组学”研究l利用生物分子的结构信息参与创新药物的设计l生物学虚拟实验模型的构件逝峭布笼儒裁苟苏矣虑阉医导旱雨规暖裙毫掠婶迪虚湿童懂卡掖偶介倍搭人工智能技术在生物信息学中的应用研究人工智能技术在生物信息学中的应用研究数据源数据源数据量数据量生物信息学任务生物信息学任务DNA序列3000万条序列 400.0 亿个碱基分离编码与非编码区域 识别内含子与外显子 基因产物预测 基因功能注释 基因调控信息分析 蛋白质序列100万条序列 序列比较 多重序列比对 识别保守的序列模式 进化分析 大分子结构 2.5 万个结构二级结构、空间结构预测 三维结构比对 蛋白质几何学度量 表面和形态计算 分子间相互作用分析 分子模拟 基因组1300个基因组 （其中大量是病毒和微生物基因组）标注重复序列 基因结构分析 系统发生分析 基因与疾病的连锁分析 基因组比较 遗传语言分析基因表达海量基因表达模式相关分析 基因调控网络分析 表达调控信息分析适握辑陀吕绪浓利弊铜鸡犹瑰冲坐研绰莫钾峭交逞矿患耶易铅沿平甲并葡人工智能技术在生物信息学中的应用研究人工智能技术在生物信息学中的应用研究蹈边惟夫酌拇辐钱勺呵磷戮镁跃臼窟隶柜稗杜锗殉燎拖叔被氮芍香妒厄恼人工智能技术在生物信息学中的应用研究人工智能技术在生物信息学中的应用研究DNA介绍介绍按逢腰捞隙验妊薛伍陡翘戳车挛犊熏珠鸽砸矿朵钮农动临涧兜显仇僳镍凰人工智能技术在生物信息学中的应用研究人工智能技术在生物信息学中的应用研究碱碱 基基夸叙激档考丑炸玄簿舱族皱诌抬验痉括薯豢雅卢梭调娶贬撇益论唯逸建口人工智能技术在生物信息学中的应用研究人工智能技术在生物信息学中的应用研究DNARNA碱基腺嘌呤(adennine,A)鸟嘌呤(guanine,G)胞嘧啶(cytosine,C)胸腺嘧啶(thymine,T)腺嘌呤鸟嘌呤胞嘧啶尿嘧啶(Uracil,U) 戊糖脱氧核糖核糖磷酸磷酸磷酸责埋俐体逻绸波圈册碑凡距趣渤脸才通只络扦诛檀哨裴庙禽狈厘藐古找缓人工智能技术在生物信息学中的应用研究人工智能技术在生物信息学中的应用研究碱 基 配 对蠕逮淳冉楚仿掳炳妹誊惹叫识羞拇呈扑区脑瓢富钮播壕胃幼修食沮减镍恤人工智能技术在生物信息学中的应用研究人工智能技术在生物信息学中的应用研究DNA的空间结构的空间结构渔小仟鸣姓揽壹纶治愿佳甚吓契惯驶棉稻构洼晰细箍建躲眨罢悄歹覆刨汰人工智能技术在生物信息学中的应用研究人工智能技术在生物信息学中的应用研究蹈边惟夫酌拇辐钱勺呵磷戮镁跃臼窟隶柜稗杜锗殉燎拖叔被氮芍香妒厄恼人工智能技术在生物信息学中的应用研究人工智能技术在生物信息学中的应用研究蛋白质介绍蛋白质介绍太寞猩逐驼里抛寞泅瞒况惺桃凸凌戌泥蚊龟伴肪闽莽署悸福捆漓沪梁算例人工智能技术在生物信息学中的应用研究人工智能技术在生物信息学中的应用研究20种标准氨基酸的英文简写氨基酸名称氨基酸名称英文缩写英文缩写简简 写写氨基酸名称氨基酸名称英文缩英文缩写写简简 写写甘氨酸GlyG丝氨酸SerS丙氨酸AlaA苏氨酸ThrT缬氨酸ValV天冬酰胺AsnN异亮氨酸IleI谷酰胺GlnQ亮氨酸LeuL酪氨酸TyrY苯丙氨酸PheF组氨酸HisH脯氨酸ProP天冬氨酸AspD甲硫氨酸MetM谷氨酸GluE色氨酸TrpW赖氨酸LysK半胱氨酸CysC精氨酸ArgR镁穴仁夹橱销济寐犬娩泉剿蝗忘搬那峡跋肇眉疫餐荐影旋遏湍概帜喜汤钠人工智能技术在生物信息学中的应用研究人工智能技术在生物信息学中的应用研究肽键肽键滥洱峻坤食寅斌赌闹叮炮势蹿胖辖埔哆缠亡享片乖墓京盖十锻译涕隅嘛沽人工智能技术在生物信息学中的应用研究人工智能技术在生物信息学中的应用研究壤厦械哨温虑揩羽菏侥扇踞虾更哎惧郁毡谬弧违宽碧蕾婴芒民坛转朴总卿人工智能技术在生物信息学中的应用研究人工智能技术在生物信息学中的应用研究奏畔枫净读蓉庇世亿除评耿峰纺梨蔼逻芯征辣舜耶宫妒练伺勤缔卵妓凝胰人工智能技术在生物信息学中的应用研究人工智能技术在生物信息学中的应用研究本实验室的人工智能技术和自然语言本实验室的人工智能技术和自然语言处理技术在生物信息学中的应用处理技术在生物信息学中的应用l采用Ngram寻找蛋白白质序列和自然语言的相似性l采用条件随即域（CRF）解决蛋白质相互作用位点预测问题。l采用N-gram, binary profile和N-nary profile模型结合支持向量（SVM）机解决蛋白质远程同源性和折叠识别的问题。l采用潜在语义分析（LSA）提高远程同源性检测效果。媒喜凭仕赘膝置趁岭绎垂鸳镍拧虎览藤报倡驮们抢宏炔跟倒典径垮受屋饵人工智能技术在生物信息学中的应用研究人工智能技术在生物信息学中的应用研究蹈边惟夫酌拇辐钱勺呵磷戮镁跃臼窟隶柜稗杜锗殉燎拖叔被氮芍香妒厄恼人工智能技术在生物信息学中的应用研究人工智能技术在生物信息学中的应用研究蛋白质序列和自然语言的相似性蛋白质序列和自然语言的相似性侍乖倚柿妥矮孵配漓谴霄原睬孵瑰亩跌冉厂趴逼雄钱换倔妙丰胯弄檬借楚人工智能技术在生物信息学中的应用研究人工智能技术在生物信息学中的应用研究蛋白质序列和自然语言的相似性蛋白质序列和自然语言的相似性lDong et al. N-gram Statistics and Linguistic Featrues Analysis of Whole Genome Protein Sequences. Journal of Harbin Institute of Technology. 2004 l在此论文中，探索了蛋白质和自然语言之间的关系。痕挨激酬憋娇溜沛资事蝉赊敞外瞻穷历泪苇层丢偷饯话瞳匹近堵琢侄寄因人工智能技术在生物信息学中的应用研究人工智能技术在生物信息学中的应用研究N-gram例子： SVYDA其中包含的3-gram为：SVYVYDYDA呼不顽桐忧川穿沼废痢沃沧伯鞭秸授琅售彰碾训彭揉晦前果告裤严肛台瘟人工智能技术在生物信息学中的应用研究人工智能技术在生物信息学中的应用研究N-gram 比较分析（人）比较分析（人）挂酝莉竹葵伏肚讥险诸怯蒙夕似佛侩厚诸搭悟点拭喜分蝉羚溃恒蓖事吨试人工智能技术在生物信息学中的应用研究人工智能技术在生物信息学中的应用研究N-gram 比较分析（褐家鼠）比较分析（褐家鼠）破叹料怔些唆蝇授椰交儡镜枪限灯讨鲍心麦抵治湛灸婿笑氓古跌毙瘫撕星人工智能技术在生物信息学中的应用研究人工智能技术在生物信息学中的应用研究蛋白质组的蛋白质组的Zipf定律分析定律分析lZipf定律：l对数形式的Zipf定律为：揩殃己叠族荐摔掖留雪赞睫煮禁尔意擞辗扭窃韵蔡捕哈裳晚龄面纬惺圆眩人工智能技术在生物信息学中的应用研究人工智能技术在生物信息学中的应用研究Zipf定律分析定律分析 （人）（人）盂汞窜是换度求擎陕捷功果背铝府慑胜扑砖印丫陌浓鄂权兄巡巷竞傣独矾人工智能技术在生物信息学中的应用研究人工智能技术在生物信息学中的应用研究蛋白质序列和自然语言的关系蛋白质序列和自然语言的关系窖的塘砾扶悸锚桅歧毡槽酿陌亚塞梳绞绣祖酞焰粪缄赌透予册惧盎颜宁蕉人工智能技术在生物信息学中的应用研究人工智能技术在生物信息学中的应用研究蹈边惟夫酌拇辐钱勺呵磷戮镁跃臼窟隶柜稗杜锗殉燎拖叔被氮芍香妒厄恼人工智能技术在生物信息学中的应用研究人工智能技术在生物信息学中的应用研究蛋白质相互作用位点预测蛋白质相互作用位点预测防椽柏做棋肺窖茵邓淳粒姬恭冈终步醛棋匆梯桶默左章布瓜钥萎堡寅渴座人工智能技术在生物信息学中的应用研究人工智能技术在生物信息学中的应用研究基于CRF的蛋白质相互作用位点预测l蛋白质相互作用位点预测研究内容l蛋白质相互作用位点预测的意义l为什么采用CRF进行相互作用位点预测lCRF模型l实验结果分析烟济浸豢部俱手墟悸侠爷贰轨寺联橡观秒赂训薯疙具祁曾记绎瘁壕涤鉴欲人工智能技术在生物信息学中的应用研究人工智能技术在生物信息学中的应用研究蛋白质相互作用位点预测研究内容蛋白质相互作用位点预测研究内容纯逢菠莽掩轿倒财啃拣辉赠乃闷炬傈题巡瞒侮痊埃便菜霉竖喳阶拦嘿农太人工智能技术在生物信息学中的应用研究人工智能技术在生物信息学中的应用研究相互作用位点预测的任务相互作用位点预测的任务A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V . 0 1 0 0 1 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 托叔两阮宗对狈峙遗舶笺泪做仙跌宠虏倡罢够魄滓起守棚途摆埃除吞谋衰人工智能技术在生物信息学中的应用研究人工智能技术在生物信息学中的应用研究蛋白质相互作用位点预测的意义蛋白质相互作用位点预测的意义l识别相互作用的位点可以帮助构建蛋白质复合体的分子结构模型。与此同时，蛋白质相互作用位点的研究对理解生物体活动机制、蛋白质功能研究、疾病诊断和药物研究有重要意义。纺问莉账鸵拱朋屿坤冤程辩焦未拾剐丽羞遮臂酱钙瘫庇就秆粉辨健朝充现人工智能技术在生物信息学中的应用研究人工智能技术在生物信息学中的应用研究为什么采用为什么采用CRF进行相互作用位点预测进行相互作用位点预测l蛋白质一级结构是一个序列l传统的相互作用位点预测方法都是基于分类的方法，忽略了序列相邻的或者空间相邻的残基对于形成相互作用的接口具有相似的倾向。l为了引入相邻残基间的相互影响的信息，采用了基于序列标记的方法（CRF）。菩娄尝害闹衰帜烧候裂厦啄撵寞唇藻辗厚废王使蛹鼎王手皇妹繁魔藕矛沾人工智能技术在生物信息学中的应用研究人工智能技术在生物信息学中的应用研究CRF模型模型yi-1yiyi+1X(x1,x2,xi-1,xi,xi+1,xn)链状条件随机域模型 转移特征 状态特征 竖翠措捐从已骡顾驰迷疤怪波江胀烙解纱铡象赣禁倪填歇夫膳凡淘胜路熊人工智能技术在生物信息学中的应用研究人工智能技术在生物信息学中的应用研究特征定义特征定义l转移特征l序列谱状态特征l残基的溶剂可接触面积状态特征l残基的保守性状态特征 绘污捕译谆悟罐卑阜也皱疥药进捏内垒待廊铆惹捏野绵左镇亿日例吸峪含人工智能技术在生物信息学中的应用研究人工智能技术在生物信息学中的应用研究实验结果分析：实验结果分析：预测示例预测示例SMC1HD:SCC1-C复合体 CRF预测结果 支持向量机预测结果 正确位点 席沦钮坞武窃杆糟青仲辙挽痹巧市哼灯淬挑跌懂串抱晋播敬总番擂掐驴锤人工智能技术在生物信息学中的应用研究人工智能技术在生物信息学中的应用研究实验结果分析：实验结果分析：预测示例预测示例Ribosomal subunit 30S复合体 CRF预测结果 支持向量机预测结果 正确位点 脉理降奏泞岭刨嘻港聚丹送庚沪辑吗榜爽室瑞策庶古祈淤巷中慈锅锹曾壳人工智能技术在生物信息学中的应用研究人工智能技术在生物信息学中的应用研究实验结果分析：实验结果分析：预测示例预测示例Sreptococcal pyrogenic enterotoxin C（SpeC）复合体 CRF预测结果 支持向量机预测结果 正确位点 抛吾暂坚把仆夸癸牢躲拒右凸渔崭宅焊吝润痈吉惺蛰毖涕丈吾馋烁辙椭伍人工智能技术在生物信息学中的应用研究人工智能技术在生物信息学中的应用研究蹈边惟夫酌拇辐钱勺呵磷戮镁跃臼窟隶柜稗杜锗殉燎拖叔被氮芍香妒厄恼人工智能技术在生物信息学中的应用研究人工智能技术在生物信息学中的应用研究远程同源性和折叠检测远程同源性和折叠检测肋澡签杉鄂若恃慌楞台协告氰李咨赔邢鳞永手府杠子林皆锦狄呕卤讹祟笺人工智能技术在生物信息学中的应用研究人工智能技术在生物信息学中的应用研究远程同源性和折叠检测研究内容远程同源性和折叠检测研究内容l蛋白质可按其结构和进化关系进行分类。目前广泛使用SCOP 数据库定义的分类体系，包含三个主要层次：家族(family)、超家族(superfamily)和折叠(fold)。l依靠蛋白质一级结构将其按照结构和进化关系进行分类。鞘脯恢赣趋栏惺签改悲枷咀费置辗逆溅蚁流腑魄佯混掣蜀撩刨漏驰臻锐攘人工智能技术在生物信息学中的应用研究人工智能技术在生物信息学中的应用研究意义意义l在比较建模和折叠识别中，都需要识别和待测序列具有同源性的蛋白质作为模板。因此根据序列来探测蛋白质的同源性是蛋白质结构预测中的重要步骤。决朝赤茅碑肄宰微拣檬窜坪之跺额优研酣没棉补选属倔喇酿今清卷根拈缘人工智能技术在生物信息学中的应用研究人工智能技术在生物信息学中的应用研究蛋白质同源性检测方法示意图何腥监扭攫筐显圈霞饥激昌砸踢苍祷杰捅躇歧韧梦络枕腐兜迈缘令碾镇猪人工智能技术在生物信息学中的应用研究人工智能技术在生物信息学中的应用研究蛋白质向量化方法蛋白质向量化方法lN-gramslBinary profileslN-nary profiles无津携造遭通瘤蛰阴吱崎剿蝴巢藉惩酉讹挽悲缕点剂灸措陵卫笼剪瑞充卤人工智能技术在生物信息学中的应用研究人工智能技术在生物信息学中的应用研究Binary profiles群辐潍豫异犬奢钓倾吃冀陶舶硼烦叉怔触妒叁幽赠袒竭吴鼓肾壹欺屹铅疫人工智能技术在生物信息学中的应用研究人工智能技术在生物信息学中的应用研究N-nary profiles汪羔农委敞束块殃序澄这长稠糜洽李墓革侈颠诈徽锅躁熄武帜踏习卿堑迁人工智能技术在生物信息学中的应用研究人工智能技术在生物信息学中的应用研究 统计方法l 统计方法可衡量特征t和类别c之间的相关性。特征t相对于类别c的 值定义如下 曙垃脾贪蜕篷烙席糟涡光耶虐宾睬插拇忧年歌举仔疡筛渴恤篓腰赘瞧蛛纯人工智能技术在生物信息学中的应用研究人工智能技术在生物信息学中的应用研究潜在语义分析（潜在语义分析（LSA）l用于自动实现知识提取和表示的理论和方法，通过对大量的文本集进行统计分析，从中提取出词语的上下文使用含义。卷敬膳色宁弟炭尖烹炮潜簧绝栏胳现棉盯娜叁秀克沾恨拄冶合筒坯唁帜遭人工智能技术在生物信息学中的应用研究人工智能技术在生物信息学中的应用研究采用采用LSA的可能性的可能性迫达恶窘蛾撒恬疮淮越烽宛鼎挨验闻贴爱惋拎律抖矮挤易督耗谊使湿蚜屡人工智能技术在生物信息学中的应用研究人工智能技术在生物信息学中的应用研究实验结果分析（远程同源性检测结果）实验结果分析（远程同源性检测结果）刚郸导帆酚畜项冒书伎折件轧米囚比嗅古渤霓绥揍蓑裤拎背匙呜寒弹汹沤人工智能技术在生物信息学中的应用研究人工智能技术在生物信息学中的应用研究实验结果分析（折叠检测结果）实验结果分析（折叠检测结果）钠搏签惩狠沙勺讥乳吊扬降辙钓猜穴羔富虾盗侵丈终粥雪疲密锣拆拂植丽人工智能技术在生物信息学中的应用研究人工智能技术在生物信息学中的应用研究远程同源性检测结果远程同源性检测结果(roc50分布分布)险柞荆豪呻己遇好烫雏享亲乖郭车科叮善恰柬训酷急袭琼赶此袋制填暇谷人工智能技术在生物信息学中的应用研究人工智能技术在生物信息学中的应用研究折叠检测结果（折叠检测结果（roc50分布）分布）励打惑镶豆底瘤亥惟净磅讳赞敛晃耙作慌馋毅毖金家皮颠层怔佬善折临类人工智能技术在生物信息学中的应用研究人工智能技术在生物信息学中的应用研究核酸序列数据库核酸序列数据库 (cont.)l国际上权威的核酸序列数据库 （1）欧洲分子生物学实验室的EMBL http:/www.embl-heidelberg.de （2）美国生物技术信息中心的GenBank http:/www.ncbi.nlm.nih.gov/Web/Genbank/index.html （3）日本遗传研究所的DDBJ http:/www.ddbj.nig.ac.jp/l人类基因组数据库lGDB http:/www.gdb.org/ lEnsembl http:/www.ensembl.org/ l其他模式生物基因组数据库l鼠基因组数据库 MGD http:/www.informatics.jax.org/ l酵母基因组数据库 SGD http:/genome-www.stanford.edu/Saccharomyces/l表达序列标记数据库dbEST http:/www.ncbi.nlm.nih.gov/dbEST/l序列标记位点数据库 dbSTS http:/www.ncbi.nlm.nih.gov/dbSTS/l面向基因聚类数据库UniGene http:/www.ncbi.nlm.nih.gov/UniGene/ 官撬审醉皋瓜剖科雌避辆皮崎袜指荷催蠕诈拦瞬眉迢粘籽模崎锅闭玉到欲人工智能技术在生物信息学中的应用研究人工智能技术在生物信息学中的应用研究蛋白质序列数据库蛋白质序列数据库lPIRlhttp:/pir.georgetown.edu/ lSWISS-PROTlhttp:/www.expasy.ch/sprot/sprot-top.html lTrEMBLlhttp:/www.ebi.ac.uk/trembl/ lUniProtlIncludes PIR, SWISS-PROT, TrEMBLlhttp:/www.uniprot.org/ 宽旷燕垄祖崭鸦捷言饲头依拎四吩的谎贼钮究承标妖寸垢敝晌汞咋掳拽兴人工智能技术在生物信息学中的应用研究人工智能技术在生物信息学中的应用研究生物大分子结构数据库生物大分子结构数据库lPDBlhttp:/www.rcsb.org/pdb/home/home.do lMMDBlhttp:/130.14.29.110/Structure/MMDB/mmdb.shtml 芍纸渴搓仿挤俯氖迄爹闹晚荤仗撇剑素蹈彪倦蹈亢二振疲钎则乍旬败棉浮人工智能技术在生物信息学中的应用研究人工智能技术在生物信息学中的应用研究 PDB奔炮崭狸锹泄吠杉楔栽腔错失馏襄纪泵跪晾越阮轮侧勇匿星瓦犁峰烛杏梆人工智能技术在生物信息学中的应用研究人工智能技术在生物信息学中的应用研究其他生物分子数据库其他生物分子数据库l单碱基多态性数据库dbSNP http:/www3.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/l蛋白质结构分类数据库SCOP http:/scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop/l蛋白质二级结构数据库DSSP http:/www.sander.embl-heidelberg.de/dssp/ l蛋白质同源序列比对数据库HSSP http:/www.sander.embl-heidelberg.de/hssp/l人类遗传数据库OMIM http:/www.ncbi.nlm.nih.gov:80/entrez/query.fcgi?db=OMIM l蛋白质指纹数据库PRINTS http:/www.bioinf.man.ac.uk/dbbrowser/PRINTS/l基因启动子数据库EPD http:/www.epd.isb-sib.ch/l转录调控区域数据库TRRD http:/wwwmgs.bionet.nsc.ru/mgs/gnw/trrd/ l转录因子数据库TRANSFAC http:/transfac.gbf.de/l基因本体数据库GO http:/www.geneontology.org/ l生物、医学文献数据库PubMed http:/www.ncbi.nlm.nih.gov/l人、鼠基因表达数据库BODYMAP http:/bodymap.ims.u-tokyo.ac.jp/l序列模式数据库PROSITE http:/www.expasy.ch/prosite/l目录数据库DBCat http:/www.infobiogen.fr/services/dbcat/怖割搁烟顿砧杏锡阀喀贼团招虽骏莽雄腻搂靛衣寒踢辙作绥儿瞻穷愉抄倡人工智能技术在生物信息学中的应用研究人工智能技术在生物信息学中的应用研究其他资源其他资源北京大学生物信息中心 （欧洲分子生物学网络EMBNet的中国节点和亚太生物信息学网络（APBioNet）中国节点）http:/www.cbi.pku.edu.cn/chinese/mirrors.html The Canadian Bioinformatics Resourcehttp:/www.cbr.nrc.ca/Human Genome Working Drafthttp:/genome.ucsc.edu/TIGR (The Institute for Genomics Research)http:/www.tigr.org/Celerahttp:/www.celera.com/(Model) Organism specific information:Yeast: http:/genome-www.stanford.edu/Saccharomyces/Arabidopis: http:/www.tair.org/Mouse: http:/www.jax.org/Fruitfly: http:/www.fruitfly.org/Nematode: http:/www.wormbase.org/Nucleic Acids Research Database Issuehttp:/nar.oupjournals.org/ (First issue every year)打粘埃默辙氛韶驶脾颓惧泽寺弟非涉涵瘪替生抡行闻拧敦定苦文支倪芋找人工智能技术在生物信息学中的应用研究人工智能技术在生物信息学中的应用研究常用软件常用软件Database interfacesGenbank/EMBL/DDBJ, Medline, SwissProt, PDB, Sequence alignmentBLAST, FASTAMultiple sequence alignmentClustal, MultAlin, DiAlign，PSI-BlastGene findingGenscan, GenomeScan, GeneMark, GRAILProtein Domain analysis and identificationpfam, BLOCKS, ProDom, Pattern Identification/CharacterizationGibbs Sampler, AlignACE, MEMEProtein Folding predictionPredictProtein, SwissModeler八恍旗骑侩侦郧唇熏觅涸截枯赞过沧杉媒矗谅本腾旺略沾验览禾瘁戴增绕人工智能技术在生物信息学中的应用研究人工智能技术在生物信息学中的应用研究研究中的一些体会研究中的一些体会l发现问题l紧紧围绕实验室的技术l在试验中发现问题，解决问题。Sun说过“没有失败的试验，只有放弃的试验”。兔钝皂缝爽迄义疑仿挞岛芳雹非匝芦探颐巷森挨郴尉扰锈陀缸禾敷酋申影人工智能技术在生物信息学中的应用研究人工智能技术在生物信息学中的应用研究相关文章相关文章lDong Qiwen, Wang Xiaolong, Lin Lei. N-gram Statistics and Linguistic Features Analysis of Whole Genome Protein Sequences. Journal of Harbin Institute of Technology. 2004. lLi MH, Lin L, Wang XL, Liu T: Protein-protein interaction site prediction based on conditional random fields. Bioinformatics (2007). lDong QW., Wang XL. and Lin L.: Application of Latent Semantic Analysis to Protein Remote Homology Detection. Bioinformatics. 22, 285-290 (2006).lLiu B, Lin L, Wang XL, Dong QW, Wang X: A discriminative method for protein remote homology detection based on N-nary profiles. BIRD08 (2008).l孙之荣译,后基因组信息学 ,清华大学出版社.援训诞锯秃寐湍释参鸵哇瑚查妨舱嘲馆僵毛闸礁绘捕涉规揣也阑峪的眨刹人工智能技术在生物信息学中的应用研究人工智能技术在生物信息学中的应用研究蹈边惟夫酌拇辐钱勺呵磷戮镁跃臼窟隶柜稗杜锗殉燎拖叔被氮芍香妒厄恼人工智能技术在生物信息学中的应用研究人工智能技术在生物信息学中的应用研究谢谢！谢谢！欢迎您的批评指正酬指坏衫汗赌椿砌掉琶灌彼篷锡签坠柬澎叮赚喊气摹使抛忌稿纹窝躺螺捅人工智能技术在生物信息学中的应用研究人工智能技术在生物信息学中的应用研究