第六章第六章生物信息本地软件生物信息本地软件健肩恰聚蝴揖钨拷愚琐逢采冈溉峙环辰烂朔陆趁抽掏峰咯牺裙终蒸扭哮沈第六章生物信息本地软件第六章生物信息本地软件1.DNAMAN打开DNAMAN，可以看到如下界面： DNAMAN美国美国LynnonBiosoft公司开发的高度公司开发的高度集成化的分子生物学应用软件，几乎可完成所有集成化的分子生物学应用软件，几乎可完成所有日常核酸和蛋白质序列分析工作，包换多重序列日常核酸和蛋白质序列分析工作，包换多重序列对齐、对齐、PCR引物设计、限制性酶切分析、蛋白质引物设计、限制性酶切分析、蛋白质分析、质粒绘图等。分析、质粒绘图等。下载地址下载地址http:/www.lynnon.com/使用说明使用说明http:/www.lynnon.com/pc/framepc.html菜称席彻盘桑陨客蔽琶捧寥焦兜孤建刨岿傅庙乔联煽枯潦犹耕氨班惨醉北第六章生物信息本地软件第六章生物信息本地软件2. BioEdithttp:/www.mbio.ncsu.edu/BioEdit/bioedit.html太备罐眉焚力悉候贿殿苯鹃峦哑炉坎为耘芽骏努拈晰脂搏驾蛆燎位详楔眩第六章生物信息本地软件第六章生物信息本地软件BioEdit是一个序列编辑器与分析工具软件，是一个序列编辑器与分析工具软件，功能非常强大，使用十分容易。功能包括：功能非常强大，使用十分容易。功能包括：序列编辑、外挂分析程序、序列编辑、外挂分析程序、RNA分析、寻分析、寻找特征序列、支持超过找特征序列、支持超过20000个序列的多序个序列的多序列文件、基本序列处理功能、质粒图绘制、列文件、基本序列处理功能、质粒图绘制、等等.受顾发绒放酗私体疚绑山娠掘另巳寞潭敞瑰颇锚系连役俄示蚤姑啄尘请株第六章生物信息本地软件第六章生物信息本地软件3.Primer Premier 5.0http:/www.premierbiosoft.com/crm/jsp/com/pbi/crm/clientside/ProductList.jsp腹会雕丙华击县淄匿搅焰阮氏稍刨固幌判屎壮陈疚市杀换邯蜗竿侍拜瓜玲第六章生物信息本地软件第六章生物信息本地软件PrimerPremier是是大名鼎鼎的引物设计软件大名鼎鼎的引物设计软件，用来帮助研究人员设计最适合引物的应用软件利用它的高级用来帮助研究人员设计最适合引物的应用软件利用它的高级引物搜索引物数据库巢式引物设计引物编辑和分析等功能可引物搜索引物数据库巢式引物设计引物编辑和分析等功能可以设计出有高效扩增能力的理想引物也可以设计出用于扩增以设计出有高效扩增能力的理想引物也可以设计出用于扩增长达长达50kb以上的以上的PCR产物的引物序列，由加拿大的产物的引物序列，由加拿大的Premier公司开发的专业用于公司开发的专业用于PCR或测或测序引物以及杂交探针的设计，序引物以及杂交探针的设计，评估的软件，和评估的软件，和PlasmidPremier2.02一起是该公司推出的一起是该公司推出的最新的软件产品。其主要界面同样也是分为序列编辑窗口最新的软件产品。其主要界面同样也是分为序列编辑窗口（Genetank），引物设计窗口（），引物设计窗口（PrimerDesign），酶切），酶切分析窗口（分析窗口（RestrictionSites）和纹基分析窗口（）和纹基分析窗口（Motif）。）。亦刺篙幂蛰坑娜慷组属未郭租仇煞嗅耽借扒姥剑亢库阎榜奸掸边帘峦栖搬第六章生物信息本地软件第六章生物信息本地软件“Premier”软件启动界面如下：软件启动界面如下： 翌苫毕迅态禾楷栋宜焊江剃户殉郝自者阮伊惦痢寇规吃火祥贡芥打做瘦茁第六章生物信息本地软件第六章生物信息本地软件4.Oligohttp:/www.oligo.net/滇配牧佳纪欣唯普谆郧谴剧简獭颈奠啊迷访冰殴妈劲抓际桌妥哮疥枯杉懂第六章生物信息本地软件第六章生物信息本地软件引物分析著名软件，主要应用于核酸序列引物分析设计软引物分析著名软件，主要应用于核酸序列引物分析设计软件，同时计算核酸序列的杂交温度（件，同时计算核酸序列的杂交温度（Tm）和理论预测序）和理论预测序列二级结构。列二级结构。Oligo使用方法介绍使用方法介绍作为作为目前最好、最目前最好、最专业的引物设计软件专业的引物设计软件，Oligo的功能很强，在这里的功能很强，在这里我们介绍它的一些主要功能：如：普通引物对的搜索、测我们介绍它的一些主要功能：如：普通引物对的搜索、测序引物的设计、杂交探针的设计以序引物的设计、杂交探针的设计以及评估引物对质量等等及评估引物对质量等等。在正式进行引物设计前，我们首先面临的一个任务就是在正式进行引物设计前，我们首先面临的一个任务就是向向Oligo程序导入模板序列，根据不同的实验情况程序导入模板序列，根据不同的实验情况砚肯耻棺凯棋宣萍右验裕浓总碱怔肘扳玲剂妹社俊慕淹杀扦隙雾毒那记墒第六章生物信息本地软件第六章生物信息本地软件oligo应用简介应用简介http:/www.biox.cn/content/20050416/10757.htm否汰膨仔蔽蛋视漆疡烽绝噪在拧穴捕殆堰卿砧伐谆迟囤晤撬蛤哺征各近铁第六章生物信息本地软件第六章生物信息本地软件5.DNAssisthttp:/www.shareit.com/programs.html?productid=203498厉层条倡允瓶遮炭瞒骸觅案易锑蘑蓝渐影潘择屯砰绘祭隔氯题骂造熏啡泅第六章生物信息本地软件第六章生物信息本地软件10.7M。非常好用而且有名的。非常好用而且有名的DNA分析共享软件，含有部分蛋白序列分析共享软件，含有部分蛋白序列分析功能。可以全功能使用分析功能。可以全功能使用90天。天。90天后仍然能够全功能使用，只是天后仍然能够全功能使用，只是启动延时。注册费启动延时。注册费200美元。美元。 傲罪驮巍捌海卜汁耗萝啤妮铅虹汝司榆晰紊冗此揽郎芜砚异贮尽蚜秽唬慷第六章生物信息本地软件第六章生物信息本地软件6.RNAstructure, Version 4.4http:/rna.urmc.rochester.edu/rnastructure.html帖渡谩匡想莫潜汞回增阵决虹辞调咯脖忍豢凤迹鞍鹿肋串库次伙确舵渣笋第六章生物信息本地软件第六章生物信息本地软件输入或载入输入或载入RNA的一级序列的一级序列,根据最根据最小自由能原理小自由能原理,依据一定算法依据一定算法,预测预测出其二级结构图，并将图形输出到出其二级结构图，并将图形输出到窗口，得到漂亮的二级结构图形。窗口，得到漂亮的二级结构图形。是非常出色的一个程序。是非常出色的一个程序。 郎比崎狱困泅也垄剿箕培种娱窑妒绽桨危羹沉呵沪优灼席浪蒜兼峦澎责宣第六章生物信息本地软件第六章生物信息本地软件7.DNASISDNASIS DNASIS for Windows 2.5版是日立软件公司（Hitachi Sofeware Engineering Co.,Ltd.）97年推出的一个功能强大的序列分析软件。包含有大部分分子生物学软件的常用功能，可进行DNA，RNA，蛋白质序列的编辑和分析，甚 至还能进行质粒作图、数据库查询等功能，足可满足一般实验室的要求。 倒轻寥狭菌铜况氏先埂蔽售尧奇录寥壤攒屑琢睛冲植驹肖跋庆赞鳃亚姚缨第六章生物信息本地软件第六章生物信息本地软件http:/www.dnasis.com/pro_index.html啪钮驻诵馏数盔枢剩杖圾须拦瘪仑募叮皋式崎拘蹭而亨化惋堤县缅慑邦憋第六章生物信息本地软件第六章生物信息本地软件8.ANTHEPROT主页主页http:/antheprot-pbil.ibcp.fr/下载地址下载地址ftp:/ftp.ibcp.fr/pub/ANTHEPROT/WINDOWS/蛋白序列分析软件包蛋白序列分析软件包ANTHEPROT，包括了蛋白质研究领域，包括了蛋白质研究领域所包括的很多内容，功能非常强大。应用此软件包，使用个所包括的很多内容，功能非常强大。应用此软件包，使用个人电脑，便能进行各种蛋白序列分析与特性预测人电脑，便能进行各种蛋白序列分析与特性预测,包括：进行包括：进行蛋白序列二级结构蛋白序列二级结构预测；在蛋白序列中查找符合预测；在蛋白序列中查找符合PROSITES数据库的特征序列；绘制出蛋白序列的所有理化特性曲线；数据库的特征序列；绘制出蛋白序列的所有理化特性曲线；在在Internet或本地蛋白序列数据库中查找类似序或本地蛋白序列数据库中查找类似序列；计算蛋列；计算蛋白序列分子量，比重与各蛋白残基百分组成；计算蛋白序列白序列分子量，比重与各蛋白残基百分组成；计算蛋白序列滴定曲线与等电点；选定一个片段后，绘制滴定曲线与等电点；选定一个片段后，绘制HelicalWheel图；图；进行点阵图（进行点阵图（DotPlot）分析；计算信号肽潜在的断裂位点等）分析；计算信号肽潜在的断裂位点等功能。强烈推荐功能。强烈推荐,所有研究蛋白的人员均应使用。所有研究蛋白的人员均应使用。韭忻汀甭掳碴要晌琢平厌躲冠恩暑斡路倦傣占蹬钧馈团钞洼虹纵帆惮血宿第六章生物信息本地软件第六章生物信息本地软件恳桔宛卡篮诽汲坏雨延超汇灌取项拢蹄启霜史无过埔君婿功函苹观喀鼓钾第六章生物信息本地软件第六章生物信息本地软件9.Vector NTI Advance用于用于DNA和蛋白序列分析：和蛋白序列分析：VectorNTIAdvance是目前整合度最高的多功能桌面序列分析软件包。是目前整合度最高的多功能桌面序列分析软件包。VectorNTIAdvance基于业界领先的基于业界领先的VectorNTI软件包平台构建，包含了一整套数据分析和管理软件包平台构建，包含了一整套数据分析和管理的工具，通过的工具，通过5个功能模块实现。所有的模块共享个功能模块实现。所有的模块共享一个大信息量的图形化用户界面，使序列分析既一个大信息量的图形化用户界面，使序列分析既简单又直简单又直观。观。携乌汕砰蒂稳蛹典稼夫乔卧祷搔特酌捷啡午酒就锗慨窥眠蛙肥捌看铝挝庇第六章生物信息本地软件第六章生物信息本地软件http:/www.invitrogen.com/content.cfm?pageid=10373让掣翠种宏矛猫二逾痞崖个砷罢骸婶琅并伯验瘫厩阵站蔽篓轧烁栋攘伺桓第六章生物信息本地软件第六章生物信息本地软件10.Discovery Studio gene 1.5下载地址下载地址http:/www.accelrys.com/downloads/dsgene1_5_trial.zipDiscovery Studio GeneDiscovery Studio Gene（简称（简称DS GeneDS Gene）是是OmigaOmiga的替代品。序列编辑、的替代品。序列编辑、PCRPCR引物设计、引物设计、网络数据库网络数据库 搜索、蛋白质分析和其他形形色搜索、蛋白质分析和其他形形色色的功能只需要简单操作就能完成。同时，色的功能只需要简单操作就能完成。同时，可以以交互式的图形方式或者文本方式察看可以以交互式的图形方式或者文本方式察看分析结果，而独特的工作目录窗口简化了序分析结果，而独特的工作目录窗口简化了序列列 组织和分析的过程。组织和分析的过程。 第栓隘早译洁阻骤雁碾普稚添氧盼晨耀豪佛减柒脯散好葛摸有特珊砍饥改第六章生物信息本地软件第六章生物信息本地软件http:/www.accelrys.com/关裔雕企穆匣吨钝靛前必柄蛾喝袍垃漾谰獭坝绵唤播坊目诀删螺砌穆钱襟第六章生物信息本地软件第六章生物信息本地软件锗链娥袁胎拭煎蝇渠源合糜藐雾棉致记九叁缔栏肛嫂斤捌呜府墒肤棠畅搔第六章生物信息本地软件第六章生物信息本地软件除了独自完成一定的功能外，除了独自完成一定的功能外，DSGene可可以同时作为一个客户端界面，成为以同时作为一个客户端界面，成为Accelrys生物信息学完整解决方案的一个生物信息学完整解决方案的一个组成部分。通过这个界面，研究人员可以组成部分。通过这个界面，研究人员可以储存以及检索储存以及检索DSSeqStore关系数据库里关系数据库里面的数据，运行面的数据，运行GCGWisconsionPackage的程序进行数据库搜索和序列分的程序进行数据库搜索和序列分析，以及通过析，以及通过DiscoveryStudioProjectKM在整个企业范围内共享数据。在整个企业范围内共享数据。蹋序跑恰口柜今镶莆提专撩肋琐芦怯蔑磊概兄合呛吼宏冕深家扣巧麦者偶第六章生物信息本地软件第六章生物信息本地软件基本功能基本功能数据库搜索数据库搜索：通过通过BLASTBLAST和和EntrezEntrez，根据序列同源，根据序列同源性和参考文献搜索及检索性和参考文献搜索及检索NCBINCBI的网络数据，查询得的网络数据，查询得到的序列以到的序列以DS GeneDS Gene格式下载到本地机器上，从而格式下载到本地机器上，从而方便进行进一步的分析。独特的网络连接使用户只方便进行进一步的分析。独特的网络连接使用户只需要轻轻的点击就可以找到序列摘要和相关序列。需要轻轻的点击就可以找到序列摘要和相关序列。多重序列分析多重序列分析：可以采用可以采用ClustalWClustalW的方法进行多重的方法进行多重序列比对。根据化学属性等对序列中字符进行着色序列比对。根据化学属性等对序列中字符进行着色或进行序列编辑，随心所欲地创造出可供出版的图或进行序列编辑，随心所欲地创造出可供出版的图像。像。扳啃卤冒虱老冒持丽灵麻根灵伴争哨战褐骆骄竿冻歹等紧垄归懈蒙侧点逛第六章生物信息本地软件第六章生物信息本地软件酶解图谱分析酶解图谱分析：可以执行限制性内切酶酶解和蛋可以执行限制性内切酶酶解和蛋白酶解分析。在分析时，用户也可以添加自己的白酶解分析。在分析时，用户也可以添加自己的限制性内切酶以及蛋白酶试剂。限制性内切酶以及蛋白酶试剂。引物分析引物分析：可以设计可以设计PCRPCR、序列测定的引物和杂交、序列测定的引物和杂交探针。同时帮助用户检验自己的引物与探针。同时帮助用户检验自己的引物与DS GeneDS Gene中中模板的匹配程度，从而减少试验错误，节约试验模板的匹配程度，从而减少试验错误，节约试验时间。时间。motifmotif搜索搜索：寻找核酸和多肽序列中存在的序列寻找核酸和多肽序列中存在的序列motifmotif。用户也可以把自己发现序列。用户也可以把自己发现序列motifmotif的数据的数据加入到加入到motifmotif数据库中。数据库中。渺瞥砸催乾讫龋延少隶纶勘谩常瘦断顾私靳捻戊联凤伤纫痹罕贵聊迢哩佐第六章生物信息本地软件第六章生物信息本地软件核酸性质分析核酸性质分析：以交互的形式建立和察看以交互的形式建立和察看基于序列的碱基组成、密码子偏向、结构基于序列的碱基组成、密码子偏向、结构属性和其他分析特性的图表，从而有助于属性和其他分析特性的图表，从而有助于用户发现开放阅读框、启动子和鉴定基因用户发现开放阅读框、启动子和鉴定基因功能。功能。蛋白质序列分析蛋白质序列分析：通过蛋白质分析工具箱通过蛋白质分析工具箱对蛋白质性质进行分析，这些性质包括二对蛋白质性质进行分析，这些性质包括二级结构、疏水性、抗原性和分子柔性。级结构、疏水性、抗原性和分子柔性。吱童揭枫驰贿坊综拒廉融抚割狱关酷邢惮澄掸娇罗宰水喀齐蜀铰亦中实眯第六章生物信息本地软件第六章生物信息本地软件11.GCG软件包一、简介一、简介GCG是著名的生物信息分析商业软件包，它是由美是著名的生物信息分析商业软件包，它是由美国威斯康星的国威斯康星的GeneticsComputerGroup开发的，开发的，集成了大量的序列分析和数据库搜索程序（集成了大量的序列分析和数据库搜索程序（10.2版版本中包括本中包括160多个独立的程序），并可访问各种来源多个独立的程序），并可访问各种来源的序列数据。的序列数据。GCG软件包在生物软件发展历程中具软件包在生物软件发展历程中具有不可替代的地位，但是由于其中所有程序均只能运有不可替代的地位，但是由于其中所有程序均只能运行在行在UNIX平台上，加上售价昂贵，因此在应用和普平台上，加上售价昂贵，因此在应用和普及方面受到一定的限制。但是由于及方面受到一定的限制。但是由于GCG软件在生物软件在生物信息软件领域举足轻重的历史地位，已经成为事实上信息软件领域举足轻重的历史地位，已经成为事实上的工业标准。的工业标准。畏价嘘迁秦缅部婪牢宗鄙失垦汹济铃癌著上榨碉蚂腾撬窍硅偷评歉菇贮蔚第六章生物信息本地软件第六章生物信息本地软件 GCG 软件包支持软件包支持 5 种数据库，其中包括两种核酸数据库和种数据库，其中包括两种核酸数据库和 3 种蛋白质数据库。种蛋白质数据库。 GCG 支持的两种核酸数据库是支持的两种核酸数据库是 GenBank 数据库以及仅由数据库以及仅由 GenBank 中未收载的序列组成的简化版中未收载的序列组成的简化版 EMBL 核酸序列数核酸序列数据库。为了方便进行搜索，这两个数据库被组合成一个复合据库。为了方便进行搜索，这两个数据库被组合成一个复合的核酸数据库，称为的核酸数据库，称为 GenEMBLPlus 。这个复合数据库包括。这个复合数据库包括 GenBank 和和 EMBL 核酸序列数据库的表达序列标记（核酸序列数据库的表达序列标记（ EST ) ，序列标记位点（，序列标记位点（ STS ）以及基因组序列纵览（）以及基因组序列纵览（ GSS ) 条条目部分。目部分。 GCG 支持的支持的 3 种蛋白质数据库是种蛋白质数据库是 PIR 数据库、数据库、 SWISS-PROT 数据库和数据库和 SP-TrEMBL 数据库。为了方便进行搜索，数据库。为了方便进行搜索， SWISS-PROT和和 SP-TrEMBL ，这两个数据库被结合在一，这两个数据库被结合在一起组成一个复合的蛋白质数据库起组成一个复合的蛋白质数据库 SWISS-PROTPlus 。惰厅疚趋砒某逐娟悦邦脆半袍狡狠潮撤戍盂倡钥轨堂炬犹抠著惩西伶党属第六章生物信息本地软件第六章生物信息本地软件二、GCG软件包的功能简介1双序列双序列比对比对(1)Gap使用使用Needleman-wunsch算法来寻找两条序列的全局算法来寻找两条序列的全局最优比对结果。最优比对结果。(2)BestFit使用使用Simith-Waterman算法寻找两条序列的局部最优算法寻找两条序列的局部最优比对结果。比对结果。(3)FrameAlign创建一条蛋白质序列与一条核酸序列三个相位翻译结果创建一条蛋白质序列与一条核酸序列三个相位翻译结果之间的局部最优比对结果，比对时通过加人空位保持阅之间的局部最优比对结果，比对时通过加人空位保持阅读框架。读框架。芽存啡咏乎侦链嘲嘿撵合腐当符堵肘世峙痕潘屁姬凹坝鸦略笋闪贷洽棍调第六章生物信息本地软件第六章生物信息本地软件(4)Compare/DotPlot对两条相比对的核酸或蛋白质序列构建点阵图。对两条相比对的核酸或蛋白质序列构建点阵图。(5)ProfileMake/ProfileGap创建一个称为序列谱（创建一个称为序列谱（profile）的比对位点评分）的比对位点评分表，定量描述一组序列比对的信息。表，定量描述一组序列比对的信息。ProfileGaP创建一个序列谱和一条序列间的最优比对结果。创建一个序列谱和一条序列间的最优比对结果。斩但光暂钵共懂恶掇呆尤办疼杭币篙掌店钓化款泌墒饵墟易蟹毙咐扣鳞纫第六章生物信息本地软件第六章生物信息本地软件2多重序列比对多重序列比对(1)PileUp通过通过“聚类聚类”的渐进式启发的渐进式启发算法对多条序列进行比对分析，最高可支算法对多条序列进行比对分析，最高可支持持500条序列的多重比对，这个工具和条序列的多重比对，这个工具和CLUSTALW类似。类似。(2)Plotsimilarity图形化显示多序列对比结果中的序列相似图形化显示多序列对比结果中的序列相似性评分过程。性评分过程。炎归懊谭钧摩涨逗良眉受雁拒琼倪丸更违非兹臂葛妄请冬樊悼掖陀烂硝外第六章生物信息本地软件第六章生物信息本地软件3数据库参考搜索数据库参考搜索Lookup通过数据库的字段如通过数据库的字段如Name、Accession、Number、Author、Organism、Keyword、Title、Reference、Feature、Definition、Length或数据记录日期等数据库条目的注释信息对或数据记录日期等数据库条目的注释信息对数据库进行搜索。数据库进行搜索。4.数据库序列搜索数据库序列搜索(1)BLASTBLAST数据库相似性搜索工具。即可对数据库相似性搜索工具。即可对本地数据库进行搜索，也可通过远程搜索本地数据库进行搜索，也可通过远程搜索NCBI的数的数据库。据库。(2)FASTAFASTA数据库相似性搜索工具。使用数据库相似性搜索工具。使用Lipman和和Pearson提出的提出的FASTA算法对数据库进算法对数据库进行相似性搜索。行相似性搜索。圭漾涩长激亥俐帜碴膳秘若凑歼摆森佑赛弟钉碑血察湘疲饥估皋碟雪星扁第六章生物信息本地软件第六章生物信息本地软件(3)TFASTA在核酸数据库中搜索与蛋白质查询序列相似的序在核酸数据库中搜索与蛋白质查询序列相似的序列，进行比对之前它将数据库中序列按列，进行比对之前它将数据库中序列按6种阅读框进行翻译。种阅读框进行翻译。(4)Framesearch在一个核酸数据库或列表文件中搜索与一在一个核酸数据库或列表文件中搜索与一个蛋白质查询序列相似的序列，也可以在一个蛋白质数据库或个蛋白质查询序列相似的序列，也可以在一个蛋白质数据库或列表文件中搜索与核酸查询序列相似的序列。对于每个序列比列表文件中搜索与核酸查询序列相似的序列。对于每个序列比对，程序寻找蛋白质序列与核酸序列各相位翻译结果之间的最对，程序寻找蛋白质序列与核酸序列各相位翻译结果之间的最优比对，比对时加人空位来保持阅读框。优比对，比对时加人空位来保持阅读框。(5)ProfileMake/Profilesearch/ProfilesegmentsProfileMake创建序列谱定量描述一组序列比对信息。创建序列谱定量描述一组序列比对信息。Profilesearch使用这个序列谱在数据库或文件列表中搜索与使用这个序列谱在数据库或文件列表中搜索与创建此序列谱序列相似的序列。创建此序列谱序列相似的序列。Profilesegments显示数据库显示数据库记录中和序列谱相似的局部区域。记录中和序列谱相似的局部区域。(6)FindPatterns搜索包含特征模式的序列。搜索包含特征模式的序列。凯扼傀谷融搅窝丫沃袋慧釉晋巡效篙船索慎街硝寇榜于葱礁鸡篱官扑顶仍第六章生物信息本地软件第六章生物信息本地软件5编辑和发布编辑和发布(1)Pretty提供多序列比对结果多种类型的显示提供多序列比对结果多种类型的显示方式。方式。(2)Publish提供单序列或多序列多种类型的显提供单序列或多序列多种类型的显示方式。示方式。(3)MaPSort/PlasmidMaP限制酶切位点分析限制酶切位点分析及质粒绘图程序，可对核酸序列进行环形酶切位及质粒绘图程序，可对核酸序列进行环形酶切位点分析。点分析。库管绪曙赣菲垢仆捕布望饯眺圣觉犁火菇裙铣严遍尧毗波盔挚腥敬怎观驴第六章生物信息本地软件第六章生物信息本地软件6片段拼接片段拼接Gelstart/GelEnter/GelMerge/GelAssembleGelstart创建一个片段拼接操作项目或对已经存创建一个片段拼接操作项目或对已经存在的操作项目进行初始化。在的操作项目进行初始化。GelEnter将片段复将片段复制或输入到当前操作项目中。制或输入到当前操作项目中。GelMerge寻找片寻找片段间的交叠并将它们拼接为连续的序列。段间的交叠并将它们拼接为连续的序列。GelASSemble是一个用于显示交叠的编辑器，是一个用于显示交叠的编辑器，可用于去掉片段间的冲突。可用于去掉片段间的冲突。词磁案译馏路照躲苦缀奈销鳖涨觉执便缮盈阻纲莫抑庙贝闹刹休石静妓烈第六章生物信息本地软件第六章生物信息本地软件7进化分析进化分析(1)Distances/GrowTree创建一组序列比对结创建一组序列比对结果中两两序列之间的距离矩阵，这一距离用每果中两两序列之间的距离矩阵，这一距离用每100个残基中替换的核酸或氨基酸的个数表示，同时创个残基中替换的核酸或氨基酸的个数表示，同时创建一个系统亲缘树。建一个系统亲缘树。(2)Paupsearch为为PAUP（进化系统简约性分析，（进化系统简约性分析，phylogeneticanalysisusingpasimony中树的搜中树的搜索选项提供一个索选项提供一个GCG接口。接口。(3)PaupDisplay为为PAUP中的树操作、鉴定以中的树操作、鉴定以及显示选项提供一个及显示选项提供一个GCG接口。接口。(4)Diverge应用多种方法评估两条编码序列每个应用多种方法评估两条编码序列每个位点的同义码和不同义码的置换个数。位点的同义码和不同义码的置换个数。苑付枣卸瞬蝉纵乘浆井颗丘印捂响瞄饵奋竟咏兰铀戴数蝉殉辰涤拭锦支馏第六章生物信息本地软件第六章生物信息本地软件8模式识别和基因预测模式识别和基因预测(1)TestCode根据核酸序列每根据核酸序列每3个碱基组个碱基组成的非随机性来预测编码区。成的非随机性来预测编码区。(2)CodonPreference根据密码子使用频根据密码子使用频率以及第三位率以及第三位GC出现频率预测蛋白质编码出现频率预测蛋白质编码区，内置了多个物种的密码子使用频率。区，内置了多个物种的密码子使用频率。(3)Frames根据起始和终止密码子的位置，根据起始和终止密码子的位置，显示核酸序列的显示核酸序列的6个开放阅读框。个开放阅读框。思汀奶敞恭桐默帖倦术旨蓑演铸轧搅摇晤份泌虚帧匹庇赡疟恳掌闰否锚抖第六章生物信息本地软件第六章生物信息本地软件(4)FindPatterns搜索包含特征模式的序列。搜索包含特征模式的序列。(5)Motifs对蛋白质序列进行基于对蛋白质序列进行基于PROsITE数据数据库的基序搜索。库的基序搜索。(6)Composition统计核酸或蛋白质序列的组成。统计核酸或蛋白质序列的组成。(7)CodonFrequency创建密码子使用频率表，输创建密码子使用频率表，输出的结果可用于包括出的结果可用于包括CodonPreference在内的很多在内的很多GCG子程序。子程序。团瓜觉香鸡巢洁魂热皆掳绽沉缚论淬孺罕杏剁秋伊伶橱破酣乌巫刘溃仕灌第六章生物信息本地软件第六章生物信息本地软件9输入输出输入输出(1)Reformat格式化各种序列文件，使其能够用格式化各种序列文件，使其能够用于于GCG程序。程序。(2)Fromstaden将将Staden格式的序列文件转换格式的序列文件转换为为GCG格式。如果文件中存在多个序列，将对每格式。如果文件中存在多个序列，将对每个序列创建一个文件。个序列创建一个文件。(3)FromGenBank将将GenBank中中flatfile格式格式的序列文件转换为的序列文件转换为GCG格式。如果文件中存在多格式。如果文件中存在多个序列，将对每个序列创建一个文件。个序列，将对每个序列创建一个文件。(4)FromPIR将将PIR格式的序列文件转换为格式的序列文件转换为GCG格式。如果文件中存在多个序列，将对每个格式。如果文件中存在多个序列，将对每个序列创建一个文件。序列创建一个文件。漳曝垃支贺遮毁永航围兢铡肘枉串钞遣捆肺乃敛斜拾伙癌文吮减琳蠕骏肢第六章生物信息本地软件第六章生物信息本地软件( 5 ) FromFASTA ( 5 ) FromFASTA 将将 FASTA FASTA 格式的序列文格式的序列文件转换为件转换为 GCG GCG 格式。如果文件中存在多个格式。如果文件中存在多个序列，将对每个序列创建一个文件。序列，将对每个序列创建一个文件。 ( 6 ) ToPIR ( 6 ) ToPIR 将将 GCG GCG 格式的一个或多个序格式的一个或多个序列文件转化为列文件转化为 PIR PIR 格式。格式。 ( 7 ) ToFASTA ( 7 ) ToFASTA 将将 GCG GCG 格式的一个或多个格式的一个或多个序列文件转化为序列文件转化为 FASTA FASTA 格式。格式。（8 8）Tostaden Tostaden 将将 GCG GCG 格式的一个或多个格式的一个或多个序列文件转化为序列文件转化为 Staden Staden 格式。格式。碾蔼奉蛾辖刹搁届栗裕库辽有熔异才逛鼠挡刹整桥努肃鬼纪跌添阶糕赣札第六章生物信息本地软件第六章生物信息本地软件10.作图作图(1)Map限制酶切位点分析。在核酸序列上方显限制酶切位点分析。在核酸序列上方显示限制酶切位点，在下方显示翻译结果。示限制酶切位点，在下方显示翻译结果。(2)MapPlot生成酶切图谱。生成酶切图谱。(3)MapSort预测核酸被一个或多个限制酶消化预测核酸被一个或多个限制酶消化后得到的片段大小。后得到的片段大小。(4)Peptidesort预测被限制酶消化后的核酸序预测被限制酶消化后的核酸序列片段的多肤表达产物。对多肤片段根据相对分列片段的多肤表达产物。对多肤片段根据相对分子质量、位置以及子质量、位置以及HPLC决定的相关保留时间进决定的相关保留时间进行排序，还包括每条肤链以及整个蛋白质组成的行排序，还包括每条肤链以及整个蛋白质组成的概要。概要。垢窒刺识轰橙处娱轩喀呢菇纂恼柱着操痘恫崎锭溉鸭碳怂庸雕幂稗幕摘嚎第六章生物信息本地软件第六章生物信息本地软件11.引物设计引物设计Prime为为PCR选择寡核普酸引物，用于测序和选择寡核普酸引物，用于测序和PCR扩增实验。扩增实验。12蛋白质分析蛋白质分析(1)Coilscan在蛋白质序列中定位在蛋白质序列中定位coiledcoil段。段。(2)HTHScan在蛋白质序列中搜索螺旋一转角一螺在蛋白质序列中搜索螺旋一转角一螺旋基序，这种结构域一般是与旋基序，这种结构域一般是与DNA的结合位点，在的结合位点，在基因调控中起作用。基因调控中起作用。(3)Isoelectric预测并绘制蛋白质的滴定曲线。预测并绘制蛋白质的滴定曲线。(4)ProfileScan对蛋白质序列进行对蛋白质序列进行profile数据库数据库搜索，以检索可能存在的结构域。搜索，以检索可能存在的结构域。袜拘在溶扣陨款骡刀已蹭翰葱谎嘶薛恤税猿卡逊右枝罕缝碘告孩啦颗僵摘第六章生物信息本地软件第六章生物信息本地软件(5)PepPlot使用使用Chou-Fasman法预测二级结法预测二级结构。预测结果组合在一系列预测图中，这些预测构。预测结果组合在一系列预测图中，这些预测图还包括亲水性和疏水性分布曲线。图还包括亲水性和疏水性分布曲线。(6)Peptidestructure/Plotstructure预测蛋白预测蛋白质序列的抗原性、柔性、疏水性以及易溶性等特质序列的抗原性、柔性、疏水性以及易溶性等特性曲线。性曲线。(7)SPScan在蛋白质序列中搜索分泌信号肽（在蛋白质序列中搜索分泌信号肽（SPs）。）。13.RNA二级结构二级结构(l)Mfold/PlotFold使用使用Zuker的能量最小化的能量最小化方法预测方法预测RNA分子的最优和次优二级结构。分子的最优和次优二级结构。橡认到硒央暑焰恭躬襟淡穴舌玩玄午婚同灵斌贝疑彩多志刀围州坝彝疲答第六章生物信息本地软件第六章生物信息本地软件(2)StemLoop在序列中搜索发夹结构或反向重在序列中搜索发夹结构或反向重复序列。用户可以指定最小的发夹碱基配对片段复序列。用户可以指定最小的发夹碱基配对片段长度，最小或最大的发夹末端单连区尺寸，以及长度，最小或最大的发夹末端单连区尺寸，以及每个发夹结构中碱基配对片段最小的键数。每个发夹结构中碱基配对片段最小的键数。14翻译翻译(1)Translate将核酸序列翻译为蛋白质序列。将核酸序列翻译为蛋白质序列。(2)BackTranslate将蛋白质序列倒推为核酸序将蛋白质序列倒推为核酸序列。列。摈脓转韧菜养黄安魔舷乙状歇傣哉肌尝慨冤损肃毒工举培窒观孜战乎奏菩第六章生物信息本地软件第六章生物信息本地软件12.EMBOSS主页主页http:/emboss.sourceforge.net/叼压膀磺岿胁距祖托慷穷瓮绑岗验妖侈放釜沁空辰许倒嘉段搅越陈巩枢欺第六章生物信息本地软件第六章生物信息本地软件EMBOSS软件包下载地址软件包下载地址ftp:/emboss.open-bio.org/pub/EMBOSS/稠充泌栖凿绚退实旺悸嚷疏腕火宜颁姿浮蜕吴杂期捏擒蹋楞镜版犊鬃煎翁第六章生物信息本地软件第六章生物信息本地软件文件的输入和输出文件的输入和输出： 可以输入和输出不同可以输入和输出不同文件格式的序列，这些格式包括文件格式的序列，这些格式包括BSML, BSML, GeneBank, GenPept, EMBL, SWISS-Prot, GeneBank, GenPept, EMBL, SWISS-Prot, FASTA, FastP, Staden, GCGFASTA, FastP, Staden, GCG和和IG-SuiteIG-Suite等等格式，多序列文件格式还包括格式，多序列文件格式还包括PHYLIP, PHYLIP, NEXUS, NBRFNEXUS, NBRF和和GCG-MSFGCG-MSF格式。格式。色谱文件色谱文件：可以查看、编辑、比对和分析可以查看、编辑、比对和分析从自动序列测定仪上得到的色谱文件，支从自动序列测定仪上得到的色谱文件，支持的格式包括大部分机器产生的持的格式包括大部分机器产生的ABI, SCF, ABI, SCF, ALF, CTFALF, CTF和和ZTRZTR格式。格式。李区赶母频蛔浸砍蒂圾辱弊酚喉窥楼哄焚圈贬馏虽耳撮彦裕砍睫稀瓦广屹第六章生物信息本地软件第六章生物信息本地软件13.WONDERFUL生物信息学软件系统生物信息学软件系统该系统是基于生物信息学理论的核酸和蛋白质序列该系统是基于生物信息学理论的核酸和蛋白质序列综合分析平台，应用于后基因组时代的基因综合分析平台，应用于后基因组时代的基因与蛋白与蛋白质功能分析及预测、药物靶的筛选、新基因发布提质功能分析及预测、药物靶的筛选、新基因发布提交、交、PCR引物设计、寡核苷酸分析、酶切位点分析、引物设计、寡核苷酸分析、酶切位点分析、蛋白质水解位点分析、核酸基序分析、蛋白质结构蛋白质水解位点分析、核酸基序分析、蛋白质结构域域分析、质粒绘图、开放阅读框搜索、基因预测和分析、质粒绘图、开放阅读框搜索、基因预测和识别、蛋白质功能及二级结构预测、双重及多重序识别、蛋白质功能及二级结构预测、双重及多重序列比对、构建系统亲缘树等，是功能基因组学和分列比对、构建系统亲缘树等，是功能基因组学和分子生物学领域必子生物学领域必备软件。本系统同时提供了大量国备软件。本系统同时提供了大量国际上成熟的生物信息学数据库接口，并提供相关中际上成熟的生物信息学数据库接口，并提供相关中文在线辅助信息，方便国内用户使用。文在线辅助信息，方便国内用户使用。粗眉菜侯板犀吕息有想皿易谴杂耳袖扛抓雪驱乏挛遏提鹰氏扯谭迢恬佩师第六章生物信息本地软件第六章生物信息本地软件最新版本功能包括：最新版本功能包括：1、核酸及蛋白质序列全通路转换、核酸及蛋白质序列全通路转换a.还包括序列颠换、序列互补还包括序列颠换、序列互补b.支持支持8种常用密码子翻译表种常用密码子翻译表c.嵌入方便实用的核酸和蛋白质转嵌入方便实用的核酸和蛋白质转换计算器换计算器d.支持简并的蛋白质逆推到支持简并的蛋白质逆推到mRNA鸳偷藉冯噪热聊棱枚色豢莎沛谨挎了科篇段蒋荫羌然欣蘑窘痴呜霖寿抗辣第六章生物信息本地软件第六章生物信息本地软件2、引物设计、引物设计a.自动筛选引物自动筛选引物b.手动设计引物手动设计引物c.寡核苷酸分析寡核苷酸分析d.Tm值算法采用最新的热力学算法值算法采用最新的热力学算法e.支持简并引物设计支持简并引物设计桨保薪拧游故土藕铡烂凯绢牲收墟乌疗账龟糯铝镭季雪财誓靴洗洗款升樊第六章生物信息本地软件第六章生物信息本地软件3、限制酶切位点分析、限制酶切位点分析a.限制酶库管理限制酶库管理b.限制酶特性筛选限制酶特性筛选c.酶切位点分析酶切位点分析d.环形位点分析环形位点分析e.质粒绘图质粒绘图疼卓扩悲麓婴剃目底娜才纹儒胜裤葡痘逾夹他狙攒剁谩抬甩妈部邑锑窿舞第六章生物信息本地软件第六章生物信息本地软件4 4、核酸基序位点分析、核酸基序位点分析a. a. 基序库管理基序库管理 b. b. 基序筛选基序筛选 c. c. 基序位点分基序位点分析析 善由造棕釉舱铆跪罐娇把芭冈彦稀琶彤卒姚呆波恩绦彦抉灵适铜肯噶趾氧第六章生物信息本地软件第六章生物信息本地软件5、蛋白质水解酶切位点分析、蛋白质水解酶切位点分析a.水解酶库管理水解酶库管理b.水解酶特性筛选水解酶特性筛选c.水解酶切位点分析水解酶切位点分析搬辛滴氨攀葫惊算态绝畦探莉磕谚针构寓讼球夜苟缝魏行绅遇礁孜蘸窜疥第六章生物信息本地软件第六章生物信息本地软件6、蛋白质基序位点分析、蛋白质基序位点分析a.基序库管理基序库管理b.基序筛选基序筛选c.基序位点分析基序位点分析奶酞粪按判辰盼促唱评川永者北凭蔚帐体脆抄蒙寂校绦懒发猖噬泼兑娠实第六章生物信息本地软件第六章生物信息本地软件7、基因定位及、基因定位及ORF查找查找a.ORF（开放阅读框）搜索（开放阅读框）搜索b.CpG岛搜索岛搜索c.测试编码区域非编码区测试编码区域非编码区婉惊文萌笆厌涡孽盅蔚垫耳位舵脑眠溪甥授停谚鬃洱师夜骗采场饲枷歌蕴第六章生物信息本地软件第六章生物信息本地软件8、蛋白质特性分析、蛋白质特性分析a.包括疏水、亲水、抗原、柔性、跨膜、包括疏水、亲水、抗原、柔性、跨膜、保守和易溶性分析保守和易溶性分析b.支持开窗分析，有效过滤掉背景噪音支持开窗分析，有效过滤掉背景噪音9、蛋白质二级结构预测、蛋白质二级结构预测GOR-II法预测蛋白质二级结构法预测蛋白质二级结构直赃以沽湘灸驮想全痈桌橇败焊桓些矣庶病方倍揪层寒扔萤肄泌侵啥狐惨第六章生物信息本地软件第六章生物信息本地软件10、序列联配、序列联配a.基于基于BLAST算法的双序列比对算法的双序列比对b.基于动态规划算法的双序列比对基于动态规划算法的双序列比对c.基于基于FASTA算法的双序列比对算法的双序列比对d.基于基于ClustalW算法的多序列比对算法的多序列比对e.基于相似组的多序列比对基于相似组的多序列比对f.构建系统亲缘树构建系统亲缘树g.分值矩阵分值矩阵曰牡灶藤宰哥盎痪凯社惧赋饱啃军宝额筷筏闺谢都伶冉焕循浇冻簿恶恋国第六章生物信息本地软件第六章生物信息本地软件11、核酸和蛋白质序列统计、核酸和蛋白质序列统计12、标准序列格式支持，包括、标准序列格式支持，包括a.GenBank格式格式b.Fasta格式格式c.EMBL格式格式d.SwissProt格式格式e.本系统特有本系统特有.wf文件格式文件格式虐撇酉蠢羽炸器谓俩涪吊腆食腆遗矩倍位度离感瓜京莎乞懒岸休菱裴戏滦第六章生物信息本地软件第六章生物信息本地软件1313、序列注释提取、序列注释提取 1414、药物受体库、药物受体库 （包括（包括483483个药物靶点的个药物靶点的1010万余条相关信息）万余条相关信息） 1515、内置基因芯片相关靶基因、内置基因芯片相关靶基因80008000余条余条 1616、中文界面的、中文界面的BankItBankIt等在线工具等在线工具 1717、生物信息学网址收藏夹、生物信息学网址收藏夹 正式版学术机构用户：人民币正式版学术机构用户：人民币20002000元，商元，商业机构用户：人民币业机构用户：人民币1100011000元。元。昧笨锻耽巳羡实闹圃肌症琼揩烟渝包卞阿本砖膛守脸椎符捶账磐味榨舌爹第六章生物信息本地软件第六章生物信息本地软件